美國決定用原子彈轟炸日本的時候，初步選定了六個地點，東京、京都、廣島、長崎、小倉、新潟，日本首都東京也在其中。但是一是沒造出那麼主要是時間上比較倉促，二是就是想實驗實驗核彈威力，畢竟美國人造出來了但是實際戰爭效果無法預估，數據就是數據不是實戰，不過實戰結果太讓人震驚了科學家也沒想到會這樣，因此美國只能六選二，反覆對比後，一個投廣島，另外一個投長崎。前者是軍事基地，後者是工業基地，這兩個地方的軍事戰略價值對比其它地方大得多。
於是1945年8月6日上午9時，美國將名為“小男孩”的原子彈投向日本廣島，這顆相當於2萬噸TNT當量的原子彈造成廣島市24.5萬人中的20萬人死傷或失蹤。
1945年8月9日，同等威力，名為“胖子”的原子彈投在了長崎，它的爆炸使23萬長崎人中的15萬死傷或失蹤。
很多人心中都有一個問號，為什麼美國不把原子彈直接投到日本東京，東京可是日本的文化、政治中心，二戰的罪魁禍首之一裕仁天皇就住在東京皇宮，把東京列為轟炸目標是當時的美國陸軍航空總司令阿諾德做出的決定，他認為東京作為抵抗中樞和軍事力量重要所在地轟炸東京，才能徹底打破日本的抵抗意志，戰爭才能快速結束。
其實美國在日本資源枯竭，制空權和制海權完全喪失的情況下還投放了兩顆原子彈，我個人認為很大部分原因就是蘇聯，蘇聯快速擊敗關東軍並拿下東三省和北四島以後，日本不日就投降了，唯一的條件只是保住天皇。但是，轟炸執行的最後關頭，美國國務卿史蒂文森將東京從任務清單上抹去。軍事指揮官和政治家的眼光和對全局的把握決定了東京的命運。
其實日本這個國家很奇怪，天皇地位很高。日本軍官和士兵都是大呼天皇陛下萬歲，為天皇陛下效忠。美國沒法管理那麼多“天皇的草民”，而且不排除有很多日本人要跟盟軍搞“玉碎”。美國意在戰後培養日本作為亞洲戰略的橋頭堡和緩衝帶，天皇作為日本民眾的絕對服從，有著重要的戰略意義，美國就是要繼續扶持天皇，利用天皇來控制日本，將日本作為東亞的橋頭堡，以此來遏制來自蘇聯的“紅色威脅”，天皇是美國重點”保護動物“，用麥克阿瑟的話說”還有用處“。而東京正是天皇的所在地美軍在太平洋戰場已經付出了沉重傷亡代價，這是美國不願意看到的結果。因此他們投放原子彈時避開東京防止天皇炸死，是務實的戰爭選擇。