現如今，醫學已經明確了抗病毒治療的終極目標是“並不明確的”。雖然抗病毒藥物可以降低病毒裁量和肝操作風險，但慢性乙肝患者卻很少有被治癒。
在藥物治療的過程中，隨著治療時間的不斷延長，乙肝病毒的變異，患者長期服藥順應性，或擅自停藥或自行服藥，以及病毒自身逐漸產生耐藥性的發生，都是擺在醫學研究人員面前的難題。
《慢性乙型肝炎防治指南》是中華醫學分會和中華醫學會感染病學分會，為進一步規範慢性乙型肝炎預防、診斷和治療 ，組織國內有關專家，參考國內外最新研究成果的基礎上制定的，為現在臨床治療乙肝所遵循的標準方案。
其提出的乙肝患者治療的總體目標是：最大限度地長期抵制HBV（乙肝病毒），減輕肝細胞炎症性壞死及纖維化，延緩和減少肝臟失代償、肝感化、肝細胞癌及其併發症的發生，從而改善生活質量和延長存活時間。
因此，乙肝的抗病毒治療是長期的，既然是長期目標也絕不可能在短期實現，需要堅持長期有效的抗病毒治療。
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