一、根據抗原性質分為兩類：完全抗原和不完全抗原
淋巴細胞的轉化完全抗原 簡稱抗原。是一類既有免疫原性，又有免疫反應性的物質。如大多數蛋白質、細菌、病毒、細菌外毒素等都是完全抗原。
不完全抗原，即半抗原(hapten)是隻具有免疫反應性，而無免疫原性的物質，故又稱不完全抗原。半抗原與蛋白質載體結合後，就獲得了免疫原性。又可分為複合半抗原和簡單半抗原。複合半抗原不具有免疫原性，只具免疫反應性，如絕大多數多糖(如肺炎球菌的莢膜多糖)和所有的類脂等;簡單半抗原既不具免疫原性，又不具免疫反應性，但能阻止抗體與相應抗原或複合半抗原結合。如肺炎球菌莢膜多糖的水解產物等。
二、根據抗原刺激B細胞產生抗體是否需要T細胞協助分類：胸腺依賴性抗原(TD-Ag)和胸腺非依賴性抗原(TI-Ag)
TD-Ag是指需要T細胞輔助和巨噬細胞參與才能激活B細胞產生抗體的抗原性物質。TD抗原免疫應答特點：能引起體液免疫應答也能引起細胞免疫應答;產生IgG等多種類別抗體;可誘導產生免疫記憶。
TI-Ag是指無需T細胞輔助可直接刺激B細胞產生抗體的抗原，特點：只能引起體液免疫應答;只能產生IgM類抗體;無免疫記憶
三、根據抗原的來源可將抗原分：異嗜性抗原、異種抗原、同種異型抗原及自身抗原
(1)異種抗原：病原微生物、類毒素等不同種族之間的抗原;
(2)同種異型抗原：存在於同一種族不同個體之間的抗原，如HLA，ABO血型抗原，Rh抗原， MHC等;
(3)自身抗原：自身成分，分為隱蔽的自身抗原、改變的自身抗原等，如眼晶狀體蛋白等;
(4)異嗜性抗原：又稱Forssman抗原，存在於不同物種間表面無種屬特異性的共同抗原，可存在於動物、植物、微生物及人類中，如溶血性鏈球菌於人心內膜或腎小球基底膜所具有的共同抗原就是異嗜性抗原。
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