秦日綱和陳承瑢參與了發動天京事變，在內訌中附從北王韋昌輝濫殺無辜，在協同北王韋昌輝殺了東王楊秀清後，又大肆濫殺天京城內的無辜太平軍。
匆匆從湖北前線趕回的石達開指責天京事變策劃者韋昌輝濫殺無辜太平軍，惱羞成怒的韋昌輝又殺死了住在天京城內的石達開的全家老少，迫使石達開帶了兩個親信縋城逃走，隨後韋昌輝又密詔通緝石達開，並派秦日綱去追捕，秦日綱出城後發現石達開深得軍心，便消極追擊，慢吞吞地追到安徽境內的西梁山後，聽說石達開發出討伐韋昌輝的號令，就帶兵轉而去攻打附近的清軍。石達開不滿，決定迴天京靖難，要求天王洪秀全要殺掉韋昌輝，否則要血洗天京城。
1856年十一月初，在石達開大軍壓境靖難和朝內大臣群起反對韋昌輝的壓力下，天王洪秀全下令誅殺了韋昌輝，並永遠定其為“北孽”。
石達開回到天京要辦的第一件大事，就是要天王洪秀全立即處死天京事變的同謀者秦日綱和陳承瑢。洪秀全因為輿論壓力太大，何況此次事變中無辜死去的人太多，必須給個交代。因秦日綱和陳承瑢參與了天京大屠殺，只有取下他們的人頭來，才有可能平息眾憤，天王洪秀全自然又不可能出去認罪，於是就將陳承瑢和秦日綱兩人拋出來平息眾怒，據現存中央檔案館明清檔案部中有清咸豐六年十二月二十日清朝江北大營欽差大臣德興阿奏摺，向清廷報告太平天國在誅韋昌輝之後，並將燕王秦日綱、佐天侯陳承瑢於十一月初一日，即太平天國丙辰六年十月二十二日在天京處死。連他“燕王”的封號也剝奪了。這一對好兄弟，雖然沒能同年同月同日生，但卻做到了同年同月同日死。
為什麼要陳承瑢與秦日綱一同處死?這已說明一個問題：天京軍民已對幕後策劃者陳承瑢的真面目有了足夠的認識。在翼王石達開要求下，秦日綱、陳承瑢二人，最後仍然無法逃脫被天王處死的命運，秦日綱的爵位也被削除。
其實，即使石達開沒有殺死秦日綱和陳承瑢，相信洪秀全也難容得下這兩人，因他們知道太多，沒有他們，天京變亂的來龍去脈就可以任由洪秀全自己解釋，既然石達開要清算秦日綱和陳承瑢殺翼王家眷之仇，洪秀全又可不動聲色地殺人滅口，天王覺得石達開實在是太善解人意，當石達開要殺秦日綱和陳承瑢的時候，洪秀全並沒有要保保留他們。洪秀全為了進一步取得石達開和楊輔清等人的支持，只好將曾經為洪秀全出生入死打江山的秦日綱和陳承瑢打入地獄，使他們最後落得一個兔死狗烹的下場，真的是應了這句話：賢臣不為暗主謀！
由於對真正責任人的心知與肚明，而且對此次事變中的犧牲品心存著愧疚，天王洪秀全雖沒有為秦日綱進行“平反”處理，可他卻給秦日綱的家族報以了極高的地位：秦日綱弟弟秦日南、秦日來、秦日慶、秦日源都作為“平在山勳舊”，最早就加封了義爵，老父秦子以也被隆重進行紀念，秦日南、秦日來在洪秀全封王不算是很氾濫的1861年，就成為了賀王和畏王，秦日南還被“摻沙子”派去洪秀全最不放心的侍王李世賢部，秦日來也曾經作為使者，去撤掉英王陳玉成的職，而秦日慶和秦日源也當上了慶王和報王，秦日慶防守過富庶的湖州南潯鎮，而秦日源則是天京門戶下轄江北的浦口、江浦、六合，最小的一個省——天浦省的武將帥，可見得是是實實在在的被洪秀全重用了。
石達開回京輔政，使得長達三個月的天京內訌告一段落，暫已平息。天京事變之後，四處開始流傳著：“天父殺天兄,江山打不通,長毛非正主,依舊讓咸豐”的順口溜，很顯然，在當時清軍管轄的區域，應當有很多人，已經開始預見到太平天國終歸走向失敗的命運了。
太平軍內部也不斷有人在傳揚：“天父殺天兄，終歸一場空，打起包裹回家去，還是當長工！”的論調，可見太平軍中人心已開始變得渙散，軍中的士氣已經低迷到要放棄太平天國的地步。
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1、天京事變後，天王洪秀全借用了翼王石達開的軍事聲威，聯合天京軍民誅殺了北王韋昌輝
4、天京事變起因的各方史料記載：洪楊內訌到底是由什麼事件引起的？
5、天京事變謎團：楊秀清假託天父下凡杖責各王而積怨釀成王殺王