雍正時期，西藏內亂未平，青海戰火又起，青藏高原依然動盪不安。
清初，蒙古族落首領顧實汗歸順清朝中央政府的領導。他去世後，他的子孫爭位，四年沒有結果，最後只能將青藏劃分開，子孫們各管一處。
隨後，西藏這一支，到了固始汗的曾孫這一代，被入侵的準噶爾軍消滅政權。
青海這一支，缺乏統一領導，大體上各部獨立為政，但都接受清朝的冊封，其中顧實汗的孫子羅卜藏丹津的勢力最大，他承襲親王爵位後曾隨同清軍進藏，驅逐準噶爾勢力。
從地位來說，顧實汗的孫子羅卜藏丹津算是青海地區的一把手，但他不滿清朝將青海地區的政治權力分散給各部，他企圖在其集中領導下恢復他的爺爺——顧實汗曾經一統青藏的輝煌。
1722年，康熙去世，鎮守西部邊疆的皇十四子回京奔喪，也有與親哥哥雍正爭奪帝位的意思，這讓羅卜藏丹津看到了造反的機會。
他先聯繫策妄阿拉布坦，希望一起出兵反清，但策妄阿拉布坦不敢輕舉妄動，只是慫恿羅卜藏丹津叛清。於是他召集青海、蒙古各部，公開發動武裝叛亂，企圖將青海從清朝的管轄下獨立出去。
羅卜藏丹津下令各部恢復原來的稱號，不再稱清朝冊封的王、貝勒、貝子、公等爵號，不受清王朝導，並集結兵力進攻西寧。雖然沒有把西寧攻下，但中原通往西藏的道路卻被切斷，沿邊震動。
雍正做出迅速而強烈的反應，任命年羹堯當總司令（撫遠大將軍），嶽鍾琪當副總司令（奮威將軍），從陝甘調兵往青海平定反叛。青海地區的各部蒙古首領本就不情願鬧獨立，只是受羅卜藏丹津的脅迫，聽說清軍將至，紛紛投降。
1724年，年羹堯根據有利形勢，下令“分道深入，搗其巢穴”。嶽鍾琪抓住春草未長、叛軍人畜乏糧、分散屯駐牧養的時機，長驅直入，奇兵奔襲叛軍總部。率五千精兵，均是一人兩騎，換馬不換人，冒雪晝夜兼進，直撲羅卜藏丹津營帳。叛軍遭遇突如其來的猛攻，頓時潰不成軍。羅卜藏丹津見大勢已去，趁亂換上蒙古婦女的衣飾，帶了二百多人投奔準噶爾。其母、弟、妹、妹夫一併被俘。嶽鍾琪率軍乘勝追擊，一晝夜馳三百里，直到見不著敵人才還師。
平叛事件青海地區的蒙古族人帶來了厄運，人口由康熙時期的20多萬減至10多萬。而清將嶽鍾琪兵不過萬，只用了15天時間，平定青海叛亂，創造了歷史上著名的成功戰例。大將軍年羹堯也憑藉此役名揚朝野，震懾西陲。
至於羅卜藏丹津，後來在乾隆二十年（1755年），清軍在平定準噶爾、攻佔伊犁時將其俘獲。但乾隆對他寬大處理，免去死罪，軟禁北京，後來和他的親屬一起，被安置到內蒙古監視居住。
平定叛亂後，清朝採納了年羹堯的建議，對青海行政建制進行重大改革，青海地區完全置於清朝中央政府直接管轄之下。例如根據“宜分別遊牧居住”原則，將青海蒙古族仿照內蒙古分編為29旗，各旗劃定遊牧界限，規定不得強佔牧地，不得互相統屬，不得互相往來，這就從制度上杜絕了青海出現挑戰中央的政治強人的可能。
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