亞硝酸鹽是氨轉化為硝酸鹽過程中的中間產物，亞硝酸鹽對魚、蝦的毒性較強，是養殖水域中誘發暴發性疾病的重要因素。當水中亞硝酸鹽濃度積累到0.1毫克/升後，魚、蝦紅細胞數量和血紅蛋白數量逐漸減少，血液載氧能力逐漸減低，而造成魚、蝦慢性中毒，此時魚、蝦攝食量降低，鰓組織出現病變，呼吸困難、騷動不安或反應遲鈍，嚴重時則發生暴發性死亡。處理的辦法有：
①開動增氧機或全池潑灑化學增氧劑，使池水有充足的溶氧，以促進亞硝酸鹽向硝酸鹽的轉化，從而降低水體中亞硝酸鹽的含量。
②使用氨離子螯合劑、活性炭、吸附劑、腐植酸聚合物等復配合成的水質吸附劑如亞硝酸鹽降解劑，通過離子交換作用，吸附或降解亞硝酸鹽。
③使用芽孢桿菌、光合細菌、硝化細菌、放線菌等微生物製劑如活水寶，通過微生物分解亞硝酸鹽。
氨氮產生主要原因是過剩殘飼和魚、蝦大量排洩物的累積及過度施肥而造成。正常養殖水體氨氮一般不超0.2㎎/L為宜。氨氮對魚、蝦的危害，相似於亞硝酸鹽。氨氮毒性與池水的pH值及水溫有密切關係，一般情況，溫度和pH值愈高，毒性愈強。處理的辦法除可採用增氧和使用微生物製劑等亞硝酸鹽的處理辦法外，還可選用：
①氧化劑如二氧化氯全池潑灑。
②潑灑沸石或活性炭，一般每畝分別用沸石15公斤～20公斤和活性碳2公斤～3公斤，可吸附部分氨氮。
③培植、種植水生植物，可佔全池面積1／100 ，以吸附氨氮等有毒物質。
硫化氫在缺氧條件下，由殘餌或糞便中的含硫有機物經厭氧細菌分解而產生。硫化氫可與水底泥中的金屬鹽結合形成金屬硫化物，致使池底變黑。硫化氫有臭蛋味，具強烈刺激、麻醉和影響魚類呼吸作用，對魚類具有較強毒性。在養殖水體中硫化氫的濃度應嚴格控制在0.1mg/L以下。控制硫化氫具體措施：
①提高水中含氧量。
②嚴重的魚池可每畝潑灑 300毫升～500毫升雙氧水及放入一定量的鐵屑。
PH值是水質的重要指標。PH值低可使養殖魚、蝦血液中的PH值下降，削弱其血液載氧能力，儘管水中的溶解氧較高，還是要造成魚、蝦生理缺氧症，經常浮頭，且生長受阻或患病。PH值過高則可能腐蝕魚蝦鰓部組織，使魚蝦等失去呼吸能力而大批死亡。另外，水中的PH值過高或過低，均會造成水中的微生物活動受到抑制，有機物不易分解。淡水養殖PH值一般控制在6.5～9.0之間，最佳PH值範圍為7～8。處理PH值偏低：
①用生石灰調節，每次每畝用10公斤～15公斤。
②少量多次用氫氧化鈉調節，先調配成1／100原液，再用1000倍水衝稀潑灑。
③加速培植浮游植物，促使藻類繁殖茂盛。處理PH值偏高：①注入新水。②施用明礬，每畝可用0.5～1公斤加以控制。③用鹽酸調節，一般每畝用300毫升～500毫升，充分稀釋後全池潑灑。
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