據美國《外交政策》6月26日報道，為了給特朗普政府反對伊朗的觀點鼓譟，美國國務卿蓬佩奧於最近幾周向美國國會提交了機密簡報，指稱伊朗和基地組織“有密切關係”。但是熟悉美國情報部門相關觀點的多名專家出面反駁了這一說法。他們說，幾乎可以肯定，伊朗和基地組織之間的關係不包括在恐怖主義活動中進行積極合作，而且其互相關係比911事件發生時相比已經更加弱化。
美國戰略與國際研究中心的賽斯瓊斯表示：“（特朗普）政府正在尋找（任何支持自己對伊朗嚴厲政策的）救命稻草。”“就基地組織在該國的人員數量而言，正處於911事件以來的最低點。我看過的數據顯示，這個數字不到5人。”瓊斯是一位美國特種作戰司令部前高級官員和反恐專家。除此之外，美國情報界的專家們普遍認為，在某種程度上伊朗和基地組織有關係，但這不是一個恐怖分子合作的關係，而是一個謹慎的、同意不相互攻擊的關係，以及伊朗拿偶爾的物資供應當成與美國討價還價的籌碼。事實上，考慮到什葉派的伊朗和遜尼派主導的基地組織在宗教上的敵意，雙方基本上處於對立狀態。早在911事件之前，德黑蘭就一直在支持“阿富汗北方聯盟游擊隊”，而這個武裝組織也是美國的盟友，以對抗支持基地組織的塔利班。911事件後，伊朗人還逮捕了多名基地組織成員，據稱他們仍被關押在伊朗境內。美國國會內部持懷疑態度的人士認為，蓬佩奧之所以將基地組織與伊朗聯繫起來，是為了避免被迫在國會尋求對伊朗動武的立法批准，因為蓬佩奧可以利用打擊基地組織的相關法律讓美國對伊朗動武“合法化”。報道指出，蓬佩奧機密簡報裡提到的“伊朗在庇護基地組織成員”看起來是在羅織開戰的理由，即使是那些對伊朗持強硬立場的美國鷹派人士也對這種立場持懷疑態度。美國新保守主義智庫“保衛民主基金會”的托馬斯·約瑟夫林說:“我從來沒有主張因為這個理由（和伊朗）開戰。他說:“基地組織和伊朗之間存在矛盾與不和確實有很多例子，特別是在敘利亞和也門。伊朗對基地組織部分成員和家人的拘留，曾經成為雙方衝突的一個導火索。基地組織頭目本·拉登也曾經不同意伊朗擴大其地區影響力。”