佐助和鳴人對戰輝夜之後就結束了戰爭最高潮的部分，輝夜被打敗之後佐助和鳴人決定再次一決高下，分出二人的勝負，隨後鳴人和雛田結婚，而佐助也為了村子的安全四處蒐集情報，離開了村子。之後就到了博人傳，佐助和鳴人的孩子們再次迎接新的挑戰，假設你能夠改動火影的劇本，你會想讓誰成為火影最後的boss？
如果有了新的boss出場，後面的一切將全部改變，假設輝夜被打敗後留下遺言，是後面還有更強大的敵人等著你們，佐助和鳴人等人猜不透輝夜最後一句話的含義，以為輝夜的失敗後就是世界的和平，每個國家的人都放下心來，準備重建村子的工作，然而另一邊，一位實力超輝夜一倍的六道族人正在籌劃著下一次進攻，為自己統治世界再次做準備。
村子已經建造的差不多了，人們也都從戰爭的陰影走出，佐助依然為了村子的安全決定去其他國家收集各種情報，但是下一代還沒有出生。這位六道族人突然襲擊木葉，然而面對突如其來的襲擊，村子並沒有任何準備，一眨眼的功夫，木葉便再次被摧毀，佐助不在，鳴人一個人無法阻攔敵人的進攻，最終戰死。
佐助得知這個消息時，木葉已經完全被摧毀，而等到佐助找到六道族人，打算決一死戰，保護這個世界的時候，新的人種已經被創造，忍者更是全部被抹殺，而六道族人早就回到了自己的時空。在新人類執政的世界，佐助之流的舊人類只好做社會最底層的支柱，重新開始自己新的生活，而佐助是個叛逆的少年，他不甘心看著忍者時代的逝去，更不願意讓新人類來統治世界。
為了復興忍者，佐助找到了一個具有忍者天賦的小男孩，以和小男孩做遊戲為藉口訓練小男孩的忍術基本功，三年的時間，這個小男孩已經成長為了一個出色的忍者，隨著佐助一起行俠仗義，為了給被救助下來的人一個生活的場所，便建立了一個名為木葉的村子，並交給了那個男孩管理，而為了培養對忍術感興趣的孩子，他又建立了一個忍者學校，自己親自培訓。
後來木葉村發展的越來越好，村內村外只要有困難，也都會拜託木葉派出忍者，就這樣，忍者的時代再一次循環了。