截至4月28日，新三板11113家掛牌公司中，有10330家按時完成了年報披露工作。按規定，掛牌公司需於4月30日前完成年報披露，否則將被停牌處理，在此之後兩個月內仍未披露年報的，將會被強制摘牌。
其中，實現盈利的企業有8250家，近八成的新三板公司去年實現了盈利，近六成公司淨利潤呈正增長，超兩成公司業績翻番。
雖然相較於2015年，新三板公司整體的盈利家數佔比、業績增長家數佔比等數據有所“微調”，但在業績“含金量”方面，則有顯著的提升：政府補貼佔比下降，企業繳稅額上升，研發費用佔比提高，大部分新三板公司的各項經營指標趨向優化。同時，創新層公司“明珠效應”凸顯，部分新興產業的優質公司保持高速增長態勢。
新三板淨利潤排行榜前20強中，10家來自創新層；淨利潤超過1億元的146家公司中，66家來自創新層。
創新層淨利潤排前20的企業
淨利潤同比增長翻1倍的企業有2325家企業，佔到了22.5%，其中創新層的企業有81家。這81家企業中淨利潤增長過千的有6家。
營收過億的企業則有3849家，近40%，營收過10億的企業有207家，佔總發佈年報的企業數量為2%；這207家企業中，相比2015年同比增長的有163家，同時為創新層的企業有58家。其中營收過10億，同比增長翻倍，且為創新層的企業有9家，其中只有1家企業淨利潤出現下跌 壹玖壹玖（830993.OC）。
新三板整體和創新層公司的所得稅呈逐年上升趨勢，而政府補助卻大幅下降，遠低於2015年和2014年的水平。
在安信證券新三板首席分析師諸海濱看來，企業整體盈利增速趨緩，存在著多方面原因。首先，我國仍處於經濟轉型週期，2016年民營企業受整體經濟環境影響較大，尤其是部分傳統產業仍處於轉型“陣痛期”，企業業績增速繼續下滑；其次，一些企業由於避稅等原因，掛牌前的部分利潤選擇在掛牌後逐步釋放出來，因此在2015年，一些掛牌企業存在淨利潤增速顯著高於收入增速的情況，而這一現象在2016年財報中並未出現；最後，2016年擬IPO企業扎堆出現，部分企業存在平滑業績的訴求，也就是不希望業績增速過高從而影響下一年的可比基數。
而中泰證券新三板首席分析師張帆則認為，企業業績波動與證券市場的發展也存在關聯。“2015年新三板市場非常熱，企業為了更好地融資、交易，或衝刺創新層，存在增厚業績的動力。所以當時我們注意到個別公司與A股公司做著一樣的業務，但利潤率卻能高出好幾個百分點，這是不太正常的。而到了2016年度，市場迴歸理性，同時管理層對信息披露的要求也不斷強化，因此，企業年報披露數據更加符合實際情況。”
與2015年度相比，新三板公司2016年度平均營收增速基本持平，而淨利潤增速卻有所下滑——這一現象似乎可以佐證分析師的觀點。據記者統計，2016年度到目前為止，新三板公司平均實現營收1.65億元，平均增速為38.8%；平均實現淨利潤1087萬元，增速為13.02%。相比之下，2015年度，新三板公司平均營業收入和平均淨利潤分別增長17.33%和41.75%。
值得關注的是，諸海濱指出，在整體業績增速放緩的背景下，企業淨利潤“含金量”正顯著提升。“我們研究發現，新三板整體和創新層公司的所得稅呈逐年上升趨勢，而同時，政府補助卻大幅下降，遠低於2015年和2014年的水平。這說明新三板公司的淨利潤"含金量"在提升，各項盈利指標逐漸趨於正常化。”
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