清代沿襲明代制度，在各省設立總督、巡撫統轄地方。同時，清代入關後將八旗精銳分派到各省駐紮，鎮守地方。因此地方上便出現了督撫和八旗將軍共存的局面。事實上，從清初到清末，這種局面一直持續。以品秩而言，八旗將軍為從一品，與加尚書銜的總督同級。這樣一來，就會出現一個問題，即總督和八旗將軍誰的權力更大？
八旗駐防各省並非每處都設將軍，只有山西、江蘇、福建、浙江、湖北、陝西、甘肅、四川、廣東九省設有將軍，其他各省及重要軍事區域以都統、副都統、城守慰、防守慰為最高軍政長官。
總督同樣如此，也不是各省通設，共有八處，即直隸總督、兩江總督、閩浙總督、湖廣總督、陝甘總督、兩廣總督、四川總督、雲貴總督，若是加上清末的東三省總督，共有九處。
可以看出，在很多省份總督和將軍並存，甚至還是同城辦公。儘管清初設立八旗將軍時就有規定，將軍名義上是不插手地方行政的，但問題遠沒有這麼簡單。實際上，它們之間的權力分配經過了一個漫長的過程，此消彼長。順治初年，消滅南明政權和鎮壓農民起義是朝廷的重中之重，軍事壓倒一切。因此，在清初很長一段時間內，八旗將軍所賦予的職權就遠遠高於總督。
當然，清初時總督其軍事職能超過行政職能，甚至總督本身就是駐防一方的統兵大將，如順承郡王勒克德渾就曾擔任兩江總督，全權負責東南一帶的戰事。
八旗將軍在很長一段時間內地位都在總督之上，這種情況一直維持到康熙年間三藩之亂結束。自康熙帝收復臺灣和平定噶爾丹後，大清王朝開始進入太平盛世，這個時候，用兵不再是朝廷的當務之急，而是更多地向經濟、文化方面轉移。
道理也很簡單，將軍只有在戰時才能體現出地位的顯赫。既然國家穩定，大力發展經濟，行政官員的地位自然就水漲船高。從清中期開始，總督的地位迅速提升幾乎等同於八旗將軍。《清朝通典》對總督的執掌有明確的描述：“掌總治軍民，統轄文武，考核官吏，修飭封疆。”因此很多人認為，總督側重軍事，巡撫側重行政。
其實，這種看法有失偏頗。瞭解清代制度的人都知道，清代初、中期軍事分為兩個系統，即八旗和綠營，但朝廷的側重點始終是八旗，不管是在軍餉還是各方面待遇來說，八旗都遠遠高於綠營。總督所謂的“掌總治軍民，統轄文武”，實際上針對的是綠營，即綠營最高長官提督以下都歸其節制。而對於八旗，總督沒有統轄權。因此，說總督側重軍事並不準確。
朝廷在各省設立八旗的初衷是為了鎮守地方，以八旗彪悍的戰力威懾漢人，並以駐防將軍對地方封疆大吏形成制約。但隨著時間的推移，八旗戰鬥力急劇下降。到了乾隆中期，在京八旗和駐防八旗滋生腐敗，將軍剋扣軍餉，將士貪生怕死。朝廷無奈之下，不得不將維護國家穩定的希望寄託在綠營兵身上。
嘉慶元年爆發了白蓮教起義，八旗軍節節潰退不堪一擊，在持續九年的戰爭中，綠營異軍突起成了鎮壓起義的主力。也就是嘉慶朝開始，綠營取代八旗，地位迅速上升。
儘管綠營被賦予了更高的使命，但最高統治者和滿族貴族們卻不甘心。他們仍然想極力恢復八旗的戰力，可八旗將士爛泥扶不上牆，最終也沒能再展雄風。綠營地位的崛起，也代表著各省總督地位的崛起，因為國家遇有戰事，最先想起的便是總督及麾下的綠營。
真正改變總督地位的重要節點是在太平天國運動爆發以後，江南大營陷落綠營也不堪一擊，咸豐帝無奈之下令各省組建團練。以曾國藩為首的湘軍集團異軍突起，扛起了對抗太平軍的大旗。
湘軍是一支地方武裝，兵員自募、軍餉自籌，不再是國家的經制兵。它的性質發生了改變，只聽從曾國藩的指揮，說白了就是曾國藩的私人武裝。湘軍的崛起，說明了八旗和綠營基本上退出了歷史舞臺，朝廷所能倚重的只能是曾國藩、左宗棠、李鴻章乃至其後的袁世凱。
晚清時期，地方總督嫣然就是一方諸侯，軍政、民政集於一身，這個時候的八旗將軍形同虛設，也起不到監視漢人的作用。以晚晴時期的八旗江寧將軍來說，他們處處以湘軍集團馬首是瞻。直至清末，地方總督乃至巡撫的一舉一動都影響著朝居的走向，其地位無可撼動。
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