普濟寺佔地37019平方米，共有10殿、12樓、7堂、7軒，計231間，建築面積11400平方米。全寺有六進殿堂，自南向北貫串在一條中軸線上。
御碑殿
御碑殿坐落在山門內，有明萬曆、清康熙時的御碑三塊，正中一塊刻有普濟禪寺歷史沿革，立於3.5噸重的贔屓上，贔屓昂首伸頸，栩栩如生，服珠能轉動，可見雕刻手藝之高超。
鐘鼓樓
山門東側是鐘樓，重簷歇山，內懸大銅鐘一口，重3500餘公斤，鑄於清嘉慶十二年（1807年）。西側有鼓樓，建築形式同鐘樓。每天清晨撞鐘，傍晚擊鼓，召集僧眾參加活動，這就是古代詩文中常言的“晨鐘暮鼓”。
天王殿
天王殿，亦稱金剛殿。面寬五間，進深四間。進門迎面是一彌勒菩薩，光首、笑臉、袒胸、盤坐，雙手各拿一隻布袋。傳說他的布袋能裝世人疾苦，解世人憂愁。佛像兩旁有一副對聯：“慈顏含笑笑天下之可笑之人，大腹可容容世間難容之事”，勸人們以懷慈悲大度之心 ，用樂觀態度對待人生。彌勒菩薩身後是韋馱菩薩，韋馱菩薩昂然挺立，手持寶杵。據傳韋馱是神將之首，常於東、南、西三州巡遊，守護伽藍，屬護法神。東、南、西、北四大天王緊握手中法器駐守兩旁，宛如四名衛士在守護法門。殿後有香樟8株，植茂蓋庭。
大圓通殿
大圓通殿是普濟寺的主殿，相當於一般寺廟的大雄寶殿，圓通乃觀音菩薩別號，所以這座殿供奉的正是觀音菩薩。殿堂宏大巍峨，大殿面闊7間，進深6間，重簷歇山，黃琉璃頂，九踩斗拱，門心板雕二龍戲珠，大殿可容數千人，有“活大殿”之稱。殿前平臺四周圍繞石雕欄板，鋼鼎爐立於臺中，高約4米，上鑄“普濟禪寺”“千秋寶鼎”“光緒辛丑（即1901年）冬月吉旦”等字樣。殿內正中端坐著高達6.5米的觀音菩薩，全身金黃，眉清目秀，慈祥含笑，門徒善財和龍女站立兩側，神態天真活潑。
大殿東西兩壁又各塑有16尊不同服飾，不同形態的菩薩。囊括男女老少、聖凡人神諸像，稱觀音三十二應身，即觀音以不同身份教化世人時的現身說法形象，加上中間供奉的觀音佛身，共33身，這種塑法正體現了觀音道場的獨特之處。主殿兩旁建有配殿。東首文殊殿，供奉應化於五台山的文殊菩薩；西首普賢殿，供奉應化於峨眉山的普賢菩薩。兩側迴廊是羅漢堂，各塑9尊共18尊羅漢。
法堂
法堂，面寬5間，重簷歇山。整座建築樓下是法堂，樓上為藏經樓，收藏萬卷經書。兩側建有配殿，東首為普門殿，西首為地藏殿，供奉應化於九華山的地藏菩薩。這樣排列，集中中國四大佛教名山的主佛，賓主相比，使“震旦第一佛國”普陀山主佛觀音菩薩顯得更為突出。後殿立有功德碑，為供募化資金、建寺有功的人留名所用。
方丈殿
殿內陳設清淨，簡樸大方。殿東首為庫房，殿西現為普陀山佛教協會辦公室。
功德殿
功德殿在寺最後，是佛教信徒為其祖宗立位做功德的佛堂。殿堂四周附設齋堂、僧舍等。
普濟寺內有龍眼泉、菩提泉、菩提井，均為煮雲霧佛茶的上品泉水。過去，在附近設有茶室，用於招待香客。這也是普陀山十景之一“靜室茶煙”的所在地。
