南京火車站的交通系統是一個非常先進而巧妙的設計，在全國各大都市、各大鐵路站點當中，南京火車站的交通可以說是首屈一指的。
南京火車站原本位於交通困難的地區，但是隨著南京地鐵1號線、3號線和9號線在這個地區“米字相交”，南京火車站的交通問題得到了根本的解決。
南京火車站南靠玄武湖、北靠紅 山 森 林 公 園，火車站和鐵路在一個東西狹長的空間裡面，這個地區原本上交通應該是非常困難的。
南京火車站的正面
南京火車站的地形北面是紅山，南面則是玄武湖，這種地形在傳統的意識中，屬於坐北朝南，非常好的地形，但是從交通交通來說卻是非常困難的。
南京火車北面的地方雖然是一座小山，山雖然不大，但是足以阻斷南京火車站向著西北方向的地面交通。
南京火車北面的紅山森林公園
下面就是南京火車南面的玄武湖，玄武湖是一片很大的湖面，面積大於北面的山，由於它的存在，南京火車站整體向南的交通受到的阻隔。
南京火車南面的玄武湖
在在沒有南京地鐵系統，只依靠地面交通的時候，南京火車站附近的交通是非常困難的，由於南面是湖、北面是山，南京火車站南北向的交通幾乎沒有，而且由於鐵路通過，南北向還被切割成了南廣場、北廣場兩個部分。
南京火車站周圍的地形情況如下所示。
南京火車站周圍的地形情況
從地形的圖中可見，南京火車站只有一條東西向的狹長通道，這條通道里面，還有鐵路的存在。
南京火車站的交通通過南京地鐵根本改變，因為它是南京地鐵1號線、3號線和9號線的三線換乘站，地鐵將成為支持南京火車站交通的主要工具，補足地面交通的短板。
南京地鐵1號線、3號線和9號線三線匯聚
南京火車站南靠湖、北靠山，這種地下上面的交通原本是非常困難的，但隨著南京地鐵系統的發展，南京火車站已經通車了南京地鐵1號線和3號線，未來還將通南京地鐵9號線。
三條地鐵解決了南京火車站的根本交通問題，也讓南京火車站成為了南京地鐵系統中一個米字形換乘的地區，交通的便利性大大增加。