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此人是歷史上殺掉皇帝最多的人，南朝第一帝，辛棄疾對他大為稱讚
西邊的戰事塵埃落定，桓玄成了最後的贏家，心裡也有了自己的小九九。但在這之前，我們還是聊聊東邊的戰事吧，畢竟主人公是劉裕而不是桓玄。東邊的孫恩之亂還在持續，隨著謝琰的戰死，東晉朝廷一片譁然，他們派出了桓伊的弟弟桓不才，劉裕的上司孫無終，劉牢之的女婿高雅之出軍平叛，但這幾位並不是什麼高手，晉軍先是跟孫恩軍相持了一段時間，隨後高雅之軍被孫恩大敗，東晉的軍隊不得不退守餘姚。
東晉朝廷沒有辦法，只能倚仗劉牢之的北府軍了。隨後朝廷加封劉牢之都督五郡，志得意滿的劉牢之才揮軍東下。孫恩聽說北府軍又來了，知道自身斤兩的他帶著部眾撤回了舟山，劉牢之輕易便收復失地。他自引軍屯兵上虞，又分兵戍守各地：下令袁崧屯兵滬瀆，劉裕屯兵句章，此時的劉裕因為先前的出色表現已經被升任為參軍，雖然句章離孫恩最近，兵員最少軍備條件差，但這是劉裕第一次獨立領軍，這個冉冉上升的將星終將迸發出耀眼的光芒，甚至超過天邊的太陽。
因為之前在三吳之地的暴行，北府軍惡名在外，並不被當地百姓所接納。可句章的百姓漸漸發現，駐紮在句章的這支不足前人的北府軍，軍紀竟是出奇的好，秋毫無犯，法令嚴明。守將劉裕也是與將士們同甘共苦，一起整修城池，擴充軍備，以抵禦可能到來的孫恩軍的入侵。果然，孫恩以句章守軍少，很快就率軍來攻打。可是他發現這支軍隊的指揮官硬的扎手，詭計多端不說，還勇武異常，常常披堅執銳，身先士卒，每戰輒摧鋒陷陣。因擔心句章人少，劉牢之也引軍來救援，孫恩久攻不下，只能退回海島。
孫恩手下畢竟有十幾萬張等著吃飯的嘴，老是窩在海島上不是辦法。三月，孫恩率眾直取海鹽，不料劉裕得知後，率軍星夜趕赴海鹽。他組織了敢死隊，選拔了幾百驍勇之人，手持短兵，脫去甲冑，夜伏於城門處。第二天孫恩大軍到達海鹽，隨即開始攻城，不過他並不知道海鹽的守將正是之前碰到的那個硬釘子劉裕，所以結果可以預見，劉裕一聲令下，數百人鼓譟殺出，孫恩軍被嚇懵了，紛紛棄甲而走，劉裕所部在後追殺，斬孫恩軍大將姚盛。
又吃了一次虧的孫恩這才發現守城的是之前的硬點子，他怒不可遏的下令攻城，要知道孫恩軍此次出兵的規模有十幾萬人，打一個一千守軍的小城還不是手到擒來？連日的進攻雖然沒有打開缺口，但也成功的消耗了劉裕的力量。劉裕深感軍少，於是心生一計，他下令軍士降下旗幟，隱匿起來，假裝已經棄城而走。又找了幾個老頭登上城頭，大開城門。
第二天孫恩像往常一樣準備攻城，突然發現城門大開，軍旗也不見了，只有幾個老頭在城頭。他派人去問，被告知劉裕因為人少，已經在昨晚偷偷的棄城逃走了。或許是幾個老頭顫巍巍的表現太具說服力，又或許是他真的認為有自己的大軍在，劉裕兵少只能逃跑，孫恩相信了這個說法。他下令全軍入城，孫恩的軍隊在城外吃了幾天土，早就受夠了。聽說守將逃跑，他們便爭先恐後的進入城內。
就在孫恩部入城的時候，劉裕軍趁其不備，突然殺出，大破孫恩軍。知道真相的孫恩表示嗶了狗，我怎麼碰上這麼一個硬點子。算了，惹不起我還躲不起？劉裕實實在在的玩了一手空城計。孫恩心想，我打句章，你在句章；我打海鹽，你在海鹽。我再換個地方，我就不信你還能跟上。兄弟們我們走，打滬瀆去。
劉裕聽說孫恩往滬瀆方向進軍，也整兵準備救援。海鹽縣令鮑陋感激劉裕的救援，見劉裕兵少，就派兒子鮑嗣之帶領一千新徵的兵士跟隨劉裕。可鮑嗣之是個初生牛犢，他表示自己要當就當前鋒，他向劉裕請為前驅。劉裕跟他說：賊兵久經戰陣，還是很能打的。你呢，帶著的兵士都是新徵入伍的，缺少訓練，也沒見過戰陣，如果當前鋒，萬一失敗，會影響士氣。我軍就不好打了，你還是在後軍吧。
鮑嗣之可不幹，寶寶不聽，寶寶就要打前鋒。還賊眾厲害，厲害能被你用幾百人打成那個熊樣？說得好聽，明明你就是不願意我立功嘛。劉裕沒辦法，畢竟是老鮑的一片好心，也就勉強答應了。不過他還是謹慎的做好了應對，在戰場上設下了多出埋伏和大量旗鼓。孫恩見劉裕率軍追上來了，就派一萬多人與之交戰。劉裕手下埋伏的將士突然一起擊鼓亮旗，喊聲震天，孫恩以為中了劉裕的埋伏，大驚之下下令撤軍，劉裕軍趁勢掩殺大勝一陣。
咱們都明白是怎麼贏的，可是鮑嗣之不知道啊，他自己稀裡糊塗的還以為是自己的功勞，深感叛軍是烏合之眾的他下令進軍，結果稍一抵抗，回過神來的孫恩軍發現自己被耍了。孫恩軍殺將回來，鮑嗣之鮑小爺全軍覆沒，自己也死在亂軍中。劉裕見己方兵少的問題暴露了，率軍且戰且退，孫恩軍一路緊逼，劉裕所部死傷甚多。退到最開始交戰地方的劉裕見退無可退，決定賭一把，他心生一計，下令左右收集死人身上的兵器衣服，從容不迫。追上來的孫恩軍被他唬住了，剛剛就吃了一個虧，誰知道這個老小子是不是下好了套等我們鑽呢。你看看我，我看看你，誰也不敢往前一步。
劉裕突然大吼一聲，身後的軍士一起吶喊，衝上前來。孫恩軍本來就有所懷疑，見到這個情況，覺得自己又中計了。他們撒丫子就跑，跑的比香港記者還快。劉裕見孫恩軍後撤，也約束軍士，慢慢撤退。孫恩在拜託了劉裕的糾纏後，按老計劃趕往滬瀆，滬瀆的守將袁崧就沒那麼好運了，滬瀆很快被孫恩攻下，袁崧戰死，守城的四千晉軍也全軍覆沒。
六月，孫恩率軍十餘萬，樓船千餘艘，浩浩蕩蕩逆流而上，兵鋒所向，直指建康，東晉朝野震動，內外戒嚴，百官都被遷到臺省的機構內居住，朝廷任命冠軍將軍高素守石頭，輔國將軍劉襲柵斷淮口，丹陽尹司馬恢之戍南岸，冠軍將軍桓謙等人駐防白石，左衛將軍王嘏屯中堂，又徵調豫州刺史司馬尚之入京師保衛，又下令急徵劉牢之回軍。
劉牢之還在山陰一帶，於是他下令劉裕去救援。劉裕及手下的一千軍士連夜趕路，幾乎與孫恩軍同時趕到了丹徒。劉裕兵少，又一路急行軍而來，疲憊不堪，原丹徒守軍又沒有鬥志。孫恩部則是坐船趕到的，孫恩攜攻克滬瀆之勇登上了丹徒的蒜山，蒜山作為一個制高點也是兵家必爭之地。劉裕聽聞孫恩部去了蒜山，顧不得疲憊，下令全軍出擊趕赴蒜山。兩軍交戰，一場殘酷的廝殺後，劉裕軍竟奇蹟般的獲勝，除了讓人感慨劉裕天選之人的身份外，也不得不讓人感嘆於北府軍的精銳程度，或許蒜山的狹窄山道也限制住了孫恩軍的陣勢展開吧，戰敗的孫恩軍慌不擇路，有大量兵士從山上跌下，孫恩狼狽逃回船上，才保住性命。
孫恩見又是劉裕這個煞星追來，一分鐘也不想再待下去了。仗著自己還有不少人馬，很快就整頓了部隊，從水路出發，往建康方向去了。東晉朝廷派司馬元顯迎戰，孫恩心想，劉裕我收拾不了，你我還收拾不了？孫恩與晉軍交戰，司馬元顯連戰連敗。他老爹司馬道子嚇得每天都到宗廟裡面去禱告，求列祖列宗保佑。孫恩雖然離建康越來越近，但他的船都是海船，又是逆風行駛，速度並不快。東晉朝廷之前調來的司馬尚之終於趕到，孫恩又聽說劉牢之也快回來了。想想北府軍的厲害，孫恩慫了，他下令全軍轉向，向北直撲鬱洲。又分遣部下進攻廣陵，廣陵很快就陷落了，三千多守軍全軍覆沒。
劉牢之的女婿高雅之帶兵追擊孫恩到鬱洲，孫恩也有些怒了，劉牢之我打不過，劉裕我打不過，你個手下敗將來送人頭？孫恩下令回軍迎戰，大破晉軍，同時捉住了高雅之，將軍勢安頓了下來。
為什麼孫恩敢大模大樣的停下來？因為東晉內部又出事了。前面說到桓玄得了控制住了大片的疆域，穩住局勢後，桓玄見孫恩之亂愈演愈烈，感覺到有機可乘的他上書朝廷，請求出兵勤王，消滅孫恩。司馬道子心裡可門清，都是千年的狐狸你跟我玩什麼聊齋啊？你要出兵到了建康，還有我們這些人的活路？恐怕你那個死鬼老爹沒完成的夢想你就給實現了。他慌忙以皇帝的名義下令，褒獎桓玄的忠心，又孫恩已被趕走為由，表示不勞桓玄興師動眾了。
糊弄住了桓玄，孫恩還沒走遠呢、司馬道子無奈，看了看身邊的人，誰也不是帶兵打仗的料哇。劉牢之都已經位高權重了，自己可不想輕易用他。想來想去，司馬道子眼前一亮。劉裕這小子不錯啊，作戰勇敢，有勇有謀，職位不高潛力還大。於是下詔封劉裕為建武將軍、下邳太守，又下令劉裕領水軍追擊鬱洲的孫恩部。
劉裕於是率軍發往鬱洲，孫恩聽說東晉派人來了起初還不在意，但當他聽說派來的是劉裕的時候，他嚇壞了。他劉裕帶著不到1000人就敢砸我的場子，現在發達了，我還敢跟他打？但畢竟不擊而走影響士氣，孫恩硬著頭皮跟劉裕交戰，結局當然是打不過啊。孫恩軍一路敗逃到滬瀆，劉裕又追到滬瀆。再次交戰，依然沒有懸念。孫恩部逃往海鹽，劉裕也追到海鹽，在又一頓胖揍之後，孫恩最終從水路跑回了老巢舟山。三次交戰，劉裕軍每次都以大勝告終，俘獲不計其數。孫恩軍則是元氣大傷，漸漸地軍力衰微。
孫恩之亂基本上解除了，這位海賊王的結局我們之後再談，讓我們把目光回到紛亂的東晉朝廷中。司馬道子父子在孫恩之亂中的拙劣表現有目共睹，無能、軟弱而又目光短淺，手握重兵的桓玄將這些都看在了眼裡，他覺得他可以有所行動了，於是他寫了一封信上報朝廷。我的老首長王恭，是一個多麼好的人啊！對國家忠心耿耿，身無餘財，你竟然用企圖謀反的罪名把他殺死了，你於心何忍啊！放眼天下，朝廷再也沒有出現聲望與能力堪比王恭的人了，這不是因為世上沒有這種人，而是因為你司馬道子禍亂朝綱，所以他們都不敢為朝廷效力了。為什麼我桓玄敢說實話？因為只有我在外任職。
桓玄一方面發動輿論攻勢，另一方面下令封鎖上游江岸，所有的物資嚴格控制，不得往下游的建康等地運輸。本來就因為孫恩之亂導致三吳之地沒有什麼餘糧，桓玄這麼一搞，東晉朝廷一片混亂。普通的官吏已經不發工資了，位居高位的大臣們也只能實行配給制，然而就在這種情況下，司馬元顯還是渾然不覺，自顧自享受，朝堂上下怨聲載道。
司馬元顯在接到桓玄信的時候終於從醉生夢死中醒來，他驚慌失措的找來手下人商議對策。他的謀士張法順對他說：桓玄用小手段搞定荊襄，人心不附。咱們手中還有北府兵啊，我們先以大義指責他，然後聯合劉牢之共同出兵，則桓玄可一戰而定。司馬元顯覺得他說的很對，便派他去聯絡劉牢之。而遠在荊襄的虞楷不知道怎麼聽到的風聲，他寫了封信告訴司馬元顯：我早就看桓玄不順眼了，朝廷大軍若來，我當為內應，司馬元顯於是大喜。
張法順到了京口見到了劉牢之，劉牢之卻滿口敷衍，他覺得桓玄的勢力很大難以對付。張法順回去向司馬元顯彙報，司馬元顯早吃了虞楷這個定心丸，他表示一切反動派都是紙老虎。在新年的鐘聲中，朝廷宣佈封司馬元顯為驃騎大將軍，以劉牢之為前鋒，共討桓玄。
桓玄聽說朝廷派大軍征伐自己，第一反應是玩過火了。我就說了幾句話你怎麼就當真了？他連忙下令把手下的兵力收緊防禦，但他的謀士卞範之勸住了他。卞範之給桓玄分析了一下局勢：司馬元顯是個什麼水平咱們都看到了，他在孫恩之亂中失掉了軍心和民心，那劉牢之也是個猶豫不決的主。咱們點起兵馬，讓天下人知道我們的力量。桓玄認為很有道理，於是發出聲明，聲討司馬元顯，然後集結大軍順流而下。
這邊桓玄終於不怕了，那邊的司馬元顯聽說桓玄好像點齊兵馬東下了，他開始害怕了。他派人聯絡之前說要做內應的虞楷，誰知道此時虞楷已經暴露，被桓玄捉住了。司馬元顯後悔了，他又派人去荊州找桓玄，想要和解。桓玄見到了使者，信心更足了，司馬元顯就是個紙老虎啊！他殺掉了使者，繼續揮軍東下。桓玄軍至姑孰，豫州刺史司馬尚之硬著頭皮跟桓玄作戰，結果被桓玄打的大敗，本人也被桓玄捉住，他的弟弟司馬休之棄城而走。而在這一過程中，猶豫的司馬元顯一步沒動，他已經害怕了。
另一方面，劉牢之的北府軍也沒有行動，因為桓玄的使者到了。使者叫何穆，是劉牢之的堂舅。何穆對他說：你現在手握重兵，功高震主，古之名將像你這樣的有幾個有好下場的？狡兔死走狗烹罷了。何況司馬元顯就是個毛孩子，一沒有容人之量二沒有什麼能力，你為什麼甘於在他之下呢？我們桓公英明神武，有容人之量，你不如倒向他，那樣可以保一輩子的富貴榮華。
劉牢之動搖了，他覺得何穆說的有道理。司馬元顯這個人他太瞭解了，還不如王恭呢！讓這樣一個人做自己的上司，那是嫌自己活得長啊。經過了長久的思考，第二天劉牢之召集諸將，當眾宣佈，全軍投降桓玄。眾將聽說後大吃一驚：老大你是不是沒睡醒啊？咱們北府兵堪稱天下第一，怎麼淪落到連仗不打直接投降的地步了？不只是劉裕這些軍官，劉牢之的兒子劉敬宣也跟著規勸劉牢之，但劉牢之還是力排眾議，投降。
有的人就是這樣，戰場上所向披靡，一往無前。但政治上卻膽小如鼠，患得患失。劉牢之的心態就是錯的，他一直把自己當做一個棋子，實際上他已經是一個有資格掌控棋局的人了，而他自己卻絲毫不知。在這種想法的引導下，劉牢之做出了投降的決定，堪稱天下第一的北府軍不戰而降。
劉敬宣從京口啟程去向桓玄請降，桓玄見到他後非常高興，盛大的款待了劉敬宣，並滿口許諾高官厚祿，劉敬宣信以為真。在招降了劉牢之部以後，桓玄下令大軍出擊新亭，直逼建康。司馬元顯聽說手裡唯一的王牌北府軍投降了，匆忙率兵趕回建康，打算堅守。可惜此時他手下的軍隊已經沒有絲毫的戰心了，桓玄的部隊一出現在視野裡，東晉的軍隊就一鬨而散。
窮途末日的司馬元顯此刻才想到了老爹，他抱著最後一絲希望向司馬道子問計，司馬道子能有什麼辦法啊？他也很絕望啊！父子倆抱頭痛哭。很快桓玄大軍控制了建康，捉住了司馬道子父子二人，並於幾日後將司馬元顯一家盡數誅殺，陪同死刑的還有虞楷，張法順等幾位同志，並在數月後毒死了司馬道子。
志得意滿的桓玄控制了朝廷之後，開始大加封賞，任命自己為丞相，總督內外軍事，哥哥桓偉為荊州刺史，表哥桓謙為尚書左僕射，另一位表哥桓修為徐州刺史。這一番操作後，桓家人是徹底控制了東晉朝廷。值得一提的是有兩位熟人也得到了封賞，一位是文章開頭那位王導的孫子，替劉裕還債的王謐同志，他被任命為中書令；另一位就是吊打欠下賭債的少年劉裕的刁氏家族族長刁逵。
當然，對劉牢之的任命也下來了，劉牢之被調任會稽內史，暫時解除軍職。聽到朝廷任命的劉牢之傻了，這跟說好的不一樣啊！別說高官厚祿了，我的徐州刺史沒了，兵權也沒了。劉牢之有些不知所措，恰好他的兒子從桓玄處歸來，見狀力勸老爹造反：我早就看桓玄不是個好東西，如果他過河拆橋，我們要早些行動 ，如果屠刀到頭頂才反應過來就遲了啊。
劉牢之覺得很有道理，他找到了愛將劉裕，想得到劉裕的支持，在他看來，劉裕身為寒門，（寒門與寒士不同，劉裕其實也是低級的士族，此處可見何茲全先生《讀史集》）是由自己一手提拔的，我手中只要還有北府兵（北府兵其實是擇將而非擇兵，將遠比兵重要，此處可見田餘慶先生《東晉門閥政治》一書），就誰也不怕。
劉裕面對這個曾經北府兵的旗幟，一手提攜自己的上司，堅定的拒絕了他：不久之前，將軍您手握重兵卻不戰而降，聲望降到最低。如今的桓玄已經權傾朝野，威震天下，可以說一呼百應。這種情況下不會有人願意跟您一起造反的。將軍如果起兵，別說建康了，廣陵你都到不了。恕我不能跟將軍一起了，我這就解甲歸田回老家去了。劉裕隨後就回到了京口，跟他一起走的還有劉牢之的外甥何無忌。
劉牢之的失望溢於言表，但他還沒有絕望，他認為自己畢竟掌控北府兵幾十年了，威望尚存，趁自己還沒被架空，他又召集眾將商討反桓玄的事情，期待他的老部下們可以給他些幫助。誰知道他的參軍劉襲當場就開始斥責他：這個世界上最不該乾的就是背叛，將軍您先叛王恭，又叛司馬元顯，現在打算背叛桓玄，一日三反，還有何面目立於天地之間？劉襲說完起身便走，他的部下們見狀也都紛紛離開。
劉牢之見狀傻了眼，他只能帶著剩下的部下退往廣陵，同時派兒子去京口接走家屬。結果他的部下們還沒走到一半就散的差不多了，到了跟兒子約定會和的地方，也沒有見到兒子，以為事情敗露家人全部出事的劉牢之萬念俱灰，在一棵大樹旁自縊，結束了自己複雜的一生。實際上劉敬宣因為大霧沒有按時間趕到約定的地方，在幾天後他趕到時，看到的只有一具冰冷的屍體了。
曾經的北府兵領袖，洛澗之戰中帶著5000北府軍縱橫前秦軍隊，五橋澤之戰前期逼得慕容垂撤軍的一代名將，就這麼在一棵樹下結束了自己的一生。他也果真如劉裕所說的那樣，連廣陵的地板都沒有摸到。
桓玄聽說劉牢之死了，開始對北府軍的高層進行清洗，劉牢之的一眾老部下們大都丟了性命，不在桓玄控制下的北府軍軍官們則開始跑路。在清洗完北府兵的高層之後，為了便於控制北府軍，桓玄打算扶植一些人。此時，早早回京口的劉裕進入了他的視線裡。劉裕沒有參加劉牢之的謀反活動，又在歷次戰爭中表現出色，真是個好同志啊。於是桓玄命劉裕暫掌北府兵。
桓玄終於打倒了司馬元顯，這邊又清算了北府軍，志得意滿的他開始享受起成功的新生活了。可是他沒高興多久，就聽到報告，之前消停了半天的孫恩那夥人又反了！原來，孫恩自上次被劉裕擊敗後，一路逃回舟山。因為缺少補給，孫恩不得不帶人再次登陸，可是他此前敗的太慘，這一次的登陸雷聲大雨點小，剛登陸就被當地太守出兵擊敗。
在孫恩第一次登陸的時候，因為投靠他的信徒拖家帶口，影響行軍速度，他曾經下的把嬰兒放在竹籃裡，投入水中，並稱這些嬰兒是往仙界去了，自己以後也會這樣升入仙界。孫恩畢竟是天師，他的話得到了信徒們的信賴。
隨著這一次的登陸失敗，孫恩心灰意冷，對著部下說：我也到了升入仙界的時候了，有願意跟我一起去仙界的，就跟我一起跳吧。說完，孫恩就跳入了海里，一代海賊王的傳奇生涯就此終結，也不知道他究竟是成了仙還是做了水鬼。他的信徒們也有跟著一起投水的，但多數的人還是沒有做好昇仙的準備，他們就推選孫恩的妹夫盧循（據說盧循是盧植的後代哦）做新的首領。
孫水仙已經去了，盧循做為新首領第一件事就是解決吃飯問題。在休養生息之後，他帶著手下重出江湖。很快他就擊敗了曾經擊敗孫恩的臨海太守辛景，替大舅哥報了仇。然後他直撲東陽，沒想到在這裡他碰到了整備北府軍的劉裕。
劉裕自然很輕鬆的就擊敗了盧循，但他沒有追擊，將盧循趕跑後他就帶兵回城了。不久之後，不信邪的盧循捲土重來，他手下的大將，姐夫徐道覆帶先鋒進犯東陽，然後劉裕出戰，又擊敗了徐道覆。然後劉裕開始追擊，盧循連戰連敗，最終又不得不回到了海上。
桓玄聽說煩人的孫恩死了，盧循也被擊敗了，他覺得已經沒有什麼可以擔心的了。他也很快就跟司馬元顯一樣沉迷享樂了，在他當政的一段時間裡，朝綱敗壞，任人唯親，大臣們都快揭不開鍋了，他還是安於享樂。朝野上下都對桓玄開始失望了：還以為遇見什麼英明神武的人吶，沒想到又是一個司馬元顯。
桓玄飄的越來越高，他覺得自己已經掌控全局了，自己的老爹沒能完成的稱帝的目標，也可以挑戰一下了。當年九月，他控制下的朝廷就下令，封桓玄為楚王，加九錫。熟悉歷史的朋友們都知道，加九錫一般而言就是有篡位的想法了，而桓玄不只加了九錫，還裂土封王了，明眼人都知道桓玄快要篡位了。
劉裕當然也看到了桓玄的動作，他的手下何無忌（劉牢之的外甥）勸他反桓玄，劉裕卻認為還沒有到時候，他在等桓玄稱帝的那天。桓玄也難得精明瞭一把，行百里者半九十，自己雖然稱王了，但稱帝終究是個危險的事，他自覺掌控了政治力量，卻對手下的軍事力量的忠誠度還有疑問。
他派桓謙私下詢問劉裕的態度，此時的桓謙是劉裕的上司，劉裕跟桓謙說：楚王（桓玄）是桓宣武（桓溫）之子，無論名望功績都是當世無比，晉朝早就不行了，楚王應該順應天意民意，接受禪讓，我早就等著楚王稱帝的那一天吶！桓謙聽後大喜，回報給了桓玄。
劉裕的話其實也沒說錯，他確實是一直等著桓玄稱帝吶。桓玄放下了懸著的心，在他看來劉裕就是個好同志啊，忠心耿耿不居功，出身低寒，容易拉攏。這樣的人稱帝后一定要重用！桓玄開始了他的計劃，一方面命心腹製造祥瑞，另一方面跟朝廷請辭，整個朝廷此時都姓桓，哪裡會真的讓他辭職？於是桓玄在姿態表夠了之後，他控制的皇帝下令，朕要讓位於桓相國。
當年年末，桓玄終於實現了桓溫的願望，稱帝成功，國號大楚。但無論是老天還是其他人似乎都不給這位新皇帝面子。建康連續發大水，四下裡有人打著晉廷稱號起義，連登基時候做的皇位，都在他坐下的時候塌掉了。南燕皇帝慕容德（此時改名慕容備德）也舉行了一次盛大的閱兵，看起來馬上就要南下了。
桓玄在焦頭爛額時想到了劉裕，他召劉裕進京，二人就這樣進行了歷史上的唯一一次會面，桓玄在見到劉裕後，對身邊人說：此人氣度不凡，是人中豪傑啊！他的妻子甚至勸桓玄早早除掉劉裕，然後桓玄此時還要靠劉裕平亂，劉裕自己又不是軟柿子，於是這件事不了了之。
雖然桓玄對劉裕很好，但早有打算的劉裕並不買賬。他藉口舊病復發請求回京口，桓玄沒有起疑，同意了劉裕的請求。回到京口的劉裕跟何無忌，還有另一位老鄉劉毅進行了商議，開始祕密計劃反叛桓玄。此時加入他們的謀算的，還有高平人檀憑之，琅琊人諸葛長民，劉裕的弟弟劉道規，平昌人孟昶等十幾人，這些人都是日後劉裕手下的骨幹。
平心而論，劉裕的行動十分大膽，他們定下的目標是三路並舉，裡應外合。為了不引起桓玄的懷疑，北府軍他都交在桓謙手裡，計劃參與起義的也都是一些退伍老兵跟親信之人，人數並不多。起義的花絮也很精彩。何無忌起草檄文的時候被母親看到，他的母親問何無忌：誰是你們這次行動的領頭人啊？當她聽到是劉裕領頭的時候，她激動的說：大事可成啊，你們一定可以成功。孟昶則是在妻子的幫助下變賣家產，作為起義的啟動資金。
在某一日清晨，劉裕藉口打獵出了城，與計劃中的親信們匯合。遠在青州的孟昶則發動同僚計劃野遊，順便邀請了青州刺史桓弘。計劃有條不紊的進行著，公元404年的這個冬天早晨，似乎格外的寒冷。何無忌假裝是建康來的朝廷使節，劉裕跟何無忌帶著百十號人進城，殺掉了準備接詔的桓修。劉裕登高一呼：桓玄無道，我奉朝廷旨意殺死桓修，將來還要跟桓玄算賬。劉裕順利拿下了京口。
青州的孟昶，劉毅等人的行動也十分順利，他們藉故將城內的守軍調出了城，然後一擁而上闖進了桓弘家，殺死了桓弘，進而控制了廣陵。之後他們立刻召集人手往京口與劉裕匯合。歷陽的諸葛長民卻不太走運，他的計劃不知如何就走漏了，他被刁逵抓了起來，送往建康發落。
劉裕還不知道其他兩處的情況，他還在頭疼自己手下沒有行政人才，一幫大老粗缺乏合理的組織。何無忌跟他推薦了劉穆之，劉裕派人去請劉穆之。劉穆之據說是漢高祖的庶長子劉肥的後人，看起來血脈比劉裕更正統，但此時的劉穆之也只是個落魄的書生罷了。他見到劉裕派來的人，稍一思索便直奔劉裕處而去。二人相見，交談一番後劉裕大喜，有你在，我的大事一定可以成功。
接著劉穆之就開始安排計劃，共推劉裕為盟主，發佈討桓玄檄文，前來投靠劉裕的人絡繹不絕，短短几天，人數就發展到2000多人。另一方面，桓玄聽說劉裕起兵，大驚之餘大怒，找人商議辦法，桓玄覺得劉裕軍新立，氣勢正盛，不如以大軍駐紮覆舟山，則機而動。桓謙卻建議趁劉裕立足未穩，立刻派兵征討。
最終桓玄還是同意了桓謙的建議，但他心裡還是憂慮的，劉裕這個人我見過，是人中龍鳳，此次征討前途難料啊！劉裕聽說桓玄派軍來征討自己，卻絲毫不怕，他依然跟以前一樣，身先士卒衝入敵陣，他的手下見主帥如此勇猛，無不以一當十，楚軍大敗，退守羅落橋。
劉裕軍進至羅落橋，楚軍早嚴陣以待，除去之前一站的傷亡與留守京口的部隊，劉裕的人手十分有限。楚軍主帥皇甫敷下令出擊，劉裕也帶隊殺入楚軍中。劉裕兵馬畢竟少，很快就處於劣勢之下，檀憑之也死於亂軍中，劉裕實在是到了一生最危險的時候，但有時候能成大業的人運氣就是這麼好，亂軍之中不知道是誰放了一發流矢，正好射中皇甫敷，皇甫敷倒墜下馬，楚軍因為主帥生死不明大亂，劉裕趁機掩殺，他見到了奄奄一息的皇甫敷，皇甫敷對他說：我世受國恩，戰敗當死。公必能成大業，希望你能放我家人一條生路。劉裕十分感動，然後砍死了皇甫敷。當然，他也遵守諾言，對皇甫敷的家人撫卹有加。在厚葬了陣亡的戰友檀憑之後，他安排檀憑之的侄兒檀韶接替檀憑之的職位。
桓玄聽說楚軍大敗，大吃一驚，他命桓謙領大軍駐守覆舟山，不得私自出戰。劉裕是造反，當然是已無退路，他的手下因為連戰連捷士氣正旺。另一邊的桓謙也不好過，他手下的兵大多是北府軍的舊部，桓玄執政本來就沒什麼政績，對北府軍也不太好，劉裕又曾經是北府軍中劉牢之後新一代的領軍人物。可以說當北府軍知道對手是曾經的偶像劉裕的時候，心情該是多麼負責。
桓謙與劉裕最終在覆舟山交戰，劉裕命令邊走邊插軍旗，桓謙的斥候看見這麼多軍旗根本不敢靠近，當桓謙的斥候回報桓謙的時候，桓謙嚇呆了，劉裕怎麼會有那麼多人？消息不知道怎樣就洩露了，楚軍的士氣一落千丈。當劉裕一馬當先的殺向桓謙軍時，身後喊殺聲震天，桓謙的部隊不敢交戰，稍一接觸就潰敗了。在劉裕的追擊下，楚軍大敗。
桓玄聽到戰敗的消息，自覺大勢已去，藉口督戰實際上確實帶著家眷逃走，桓玄一路逃到了荊州。另一方面，皇帝都跑了，劉裕自然很輕鬆的就打下了建康城，從起義到進入建康前後不到一週，堪稱神速。劉裕進城後，派人尋找前皇帝司馬德宗，又下令將城中的桓氏家族，全部殺死。
這裡還有一個花絮，劉裕起兵的時候，諸葛長民被刁逵派人送往建康，結果還沒走到一半，就聽到劉裕攻入建康，桓玄匆匆逃跑的消息。押送諸葛長民的士兵很有靈性，當即放了諸葛長民，諸葛長民帶著他們回去找刁逵算賬，刁逵棄城而走，被自己人抓住。諸葛長民大手一揮，給我統統裝上囚車，送往建康。結果刁逵到達建康後，劉裕也大手一揮，刁家魚肉鄉民，死有餘辜，給我殺。結果除了部分刁家人外，其餘刁家人全部被處死，劉裕也算報了少年時期被吊打的仇了。
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