雖然也受密教的影響，但法相宗的曼荼羅則主要是顯示宗派祖師的傳承。奈良興福寺的”法相曼荼”，全圖十七位祖師。
中央為傳出法相唯識學的祖師——彌勒菩薩，他頭戴寶冠，身穿纓絡綴飾，持法杖。這種形象不似一般置於漢傳寺院山門的彌勒佛，漢傳的是一位胖胖的老和尚坐在天王殿中，笑面迎人，此造形為宋代布袋和尚，一直由明清沿用至今。而天冠彌勒的造形，卻在與鎌倉時代相隔數百年，與大和國平城京相距數千裡的清初西藏出現。
圍繞著彌勒菩薩的是十六位法相宗祖師，首先是由右上方角落為始，第一行依次是無著菩薩、世親菩薩、護法菩薩及陳那菩薩。無著、世親兩位菩薩居法相宗祖師的首兩位，自是毋庸置疑。但特別的是該曼荼羅置陳那菩薩於護法菩薩之後，陳那菩薩為護法菩薩之老師，論繼承次序，應先是陳那菩薩先於護法菩薩，但此曼荼羅卻倒置之。陳那菩薩為護法菩薩之師，但東傳的法相宗認為二人雖同為解釋《唯識三十頌》的十大論師，而玄奘法師一系，以護法的解釋為正宗，所以置護法菩薩在第三位，以顯其為世親菩薩學說的繼承者，亦是能正確理解世親學說的第一人。而玄奘一系法相宗，在唯識學上雖承繼護法菩薩，但因明學上是以陳那菩薩為宗祖的，所以從護法菩薩以外的十大論師中，特別置陳那菩薩於第四位。
第二行為戒賢論師及玄奘三藏。戒賢論師為玄奘三藏之師，護法菩薩之弟子，固然排於第五位。玄奘三藏身穿天竺僧衣，只披上袈裟，與其弟子慈恩大師窺基的漢地衣式有所不同，他穿上漢式僧袍後才外披袈娑，三藏雖為漢人，但遠渡西行天竺取經學論，故以西天僧服示人。
然後是慈恩大師（窺基）、淄洲大師（慧沼）及濮陽大師（智周）。這三位被認為是慈恩宗的初祖、二祖、三祖。一般來說，雖然瑜伽行派思想由玄奘三藏由天竺傳入漢地，於大慈恩寺譯出種種唯識學經典。很多學習唯識的都以為玄奘法師是唯識宗的初祖，但玄奘法師回國後，用盡餘生，全力譯經，無暇親自發揚唯識義理以成宗。雖然三藏弟子眾多，其中神昉、嘉尚、普光、窺基，更號稱”奘門四哲”。
但日本法相宗獨尊窺基為漢地初祖，他居於慈恩寺，故窺基法師又稱為”慈恩大師”，法相唯識宗也被稱為”慈恩宗”。而二祖慧沼，為山東淄州人，世尊稱”淄州大師”，依窺基法師學習唯識，得其真傳。玄奘三藏另一弟子圓測著《唯識論疏》以反駁窺基法師的觀點，慧沼撰《成唯識論了義燈》破其說。三祖智周法師，二十三歲投慧沼大師門下，發揚窺基一系思想，其後住濮陽報城寺，故稱”濮陽大師”。而法相宗四度東傳，其中第三傳的智鳳及第四傳的玄昉等人均受學於智周，故智周自然成為法相宗的第三祖。
由第四行第二位開始，便是日本法相宗的日僧祖師，依次是善殊僧正（或善珠僧正）、玄賓僧都、行賀僧都、基操大徳、信叡大徳、常騰僧都及真興僧都。如上所述，法相宗東傳日本共有四次，第一次的道昭等人、第二次的智通等人皆直接師事玄奘三藏及窺基，回國後在元興寺弘揚法相之學。第四傳的玄昉歸國後於興福寺弘揚唯識學。後來興福寺興盛而元興寺沒落，興福寺成為日本法相宗的大本山，玄昉一系也自然成為日本法相宗的正統傳承。可惜公元740年藤原廣嗣在九州島舉兵，玄昉和吉備真備被指責。此叛亂迅速平息。745年玄昉被貶為筑紫觀世音寺別當，不久被藤原廣嗣的殘餘部下所殺。可能因此，興福寺的法相曼荼羅並沒有繪畫玄昉為其中一位祖師。而直接以他的弟子善珠僧正為日本法相宗祖師的第一人。但在另三幅，如藏於東京根津美術館等處的”法相曼荼羅”則繪有玄昉。
法相宗為義學之宗，其修行也是依觀境空而立。故此，強調色彩形相的曼荼羅與法相宗的關係不大。但法相宗參考曼荼羅顯示諸佛位置調配的特點，有意的安設法相諸祖於曼荼羅之中，這並非出於修行所需，而有兩重的實際的功能：
第一、從信仰上，諸宗所用的曼荼羅為諸佛之境界，屬於神聖的領域，就算不作修行工具之用，也可作為信仰對象，焚香供養，加強信念等等。
第二、選取自家祖師，確立法相正統的傳承。法相一派，並非嫡傳法脈，而是一師傳多徒，上一代的祖師未必會指明繼承人。為使自家傳承為正統，繪畫祖師畫像於同一曼荼羅中，已明示或暗示只有該等僧侶才是此宗祖師。
在當時那樣重視法脈傳承的文化中，實在有必要如此。
