人的腸道里寄生著大量的細菌，有10萬億之多，重量可達1~1.5千克，這些細菌稱為腸道菌群，它們大致可以分為三大類：一類是有益菌（也叫益生菌）；一類是對人體有害的有害菌；還有一類是中性菌，它在某些條件下會對人體產生危害，在正常情況下則不會。
有益菌佔據優勢，腸內環境相當良好，代表菌群雙岐桿菌、乳酸桿菌等。有害菌佔據優勢，導致生病，代表菌群金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌等。中性菌在正常情況下，益多害少，但一定條件下，也可以轉為有害菌，代表菌群大腸桿菌、腸球菌等。
正常情況下，腸道內三大類細菌會和平相處，維持一定的平衡關係。但如果它們之間的平衡打破，就會影響身體健康，進而導致生病。所以，即使腸道里有很多細菌，只要它們之間的平衡不被打破，身體就可以保持健康。
一.益生菌製劑
目前國內使用的益生菌有20餘種，主要有雙歧桿菌、乳桿菌、酪酸梭菌、布拉酵母菌、腸球菌、地衣芽孢桿菌和蠟樣芽孢桿菌等，儘管使用的細菌種類與國外相同，但是菌株絕大多數與國外不同。菌株（strain）是指來自不同來源的同一菌種的細菌，也稱為該菌的不同菌株，如青春型雙歧桿菌DM8504株、長雙歧桿菌NQ-1501株等。
二.益生元
是一類非消化性物質，可作為底物被腸道正常菌群所利用，能選擇性刺激結腸內一種或幾種細菌生長和提高其活性。主要包括低聚糖(低聚果糖、低聚木糖、低聚半乳糖、低聚異麥芽糖等)，微藻(螺旋藻、節旋藻等)和天然植物等。益生元作為益生菌刺激物，具有促進益生菌增殖、改善腸道菌群、保健等功能，因此也被稱為是一種功能性食品。
三.合生元
是益生菌和益生元的混合製劑，它既可發揮益生菌的生理活性，又能選擇性地增加益生菌數量，使其作用更加顯著和持久。目前合生元產品多見於保健食品。常用於補充嬰兒的益生菌源不足、腸道菌膜不健全、體質弱、食慾不振、大便乾燥等症狀中。
合生元雖是“益生元和益生菌的混合製劑”，但並非是簡單的相加。對合生元中添加的益生元有嚴格要求：必須能通過促進腸道中的生理性細菌定植和增殖來抑制條件致病菌的增殖，這樣的製劑才可以稱為合生元。
常用的合生元製劑：乳酸菌+乳糖醇組合、雙歧桿菌+低聚果糖或低聚半乳糖組合。
益生元、合生元大部分是一類保健食品，能在一定程度上預防疾病的發生，但並不能代替藥物的治療作用。當疾病發生時還是需要諮詢有經驗的醫生，制訂有效的藥物治療方案。
四.增加有益菌的方法
1.喝酸奶：酸奶中含有的乳酸菌是一種益生菌，能維持腸道菌群平衡，增強腸道的抵抗力。購買酸奶時，最好買標識上寫明“活性乳酸菌”的，這種酸奶對腸道的作用更大。
2.儘量少用抗生素
抗生素用得太多也會造成腸道內微生態平衡的破壞，導致腹瀉等。建議使用抗生素後喝點酸奶，以補充腸道中的有益菌群，每日500~700毫升即可。
3.添加有益菌的餌料-----低聚糖低聚糖：能改善人體內微生態環境，有利於雙岐桿菌和其他有益菌的繁殖，調節胃腸功能，可以選購大豆低聚糖、果糖低聚糖、木低聚糖等。
4.服用腸道益生菌製劑
腸道益生菌製劑有很多，最好在醫生的指導下服用。
五.腸道菌群失調症
本病主要是抗生素及其他治療用藥不當引起的腸道免疫功能障礙，臨床表現以嚴重腹瀉或慢性腹瀉為主。
本病關鍵在於預防，主要是合理應用抗生素。對年老體弱、慢性消耗性疾病患者，在使用抗生素或激素時，要嚴格掌握適應症，最好做藥敏試驗以選擇抗生素種類。對體質虛弱者可服維生素C或B族維生素並配合使用乳酸菌素製劑。
治療該病的關鍵是調整菌群，首先是調節腸中的酸鹼性，因其會影響菌種的消長，好氧菌與大腸桿菌所分泌的酵素，會將膽酸分解成二級膽酸，而誘發大腸癌的發生。當有益菌多時，腸道則呈弱酸性。
有益菌群對人體有下列益處：促進胃腸蠕動，預防便祕，減少毒素被身體吸收，降低大腸、直腸癌的發生率，改善腹瀉、下痢等消化不良現象，具有健胃益腸的效果。
所以，含有益的活菌製劑為主的菌群調整療法，補充腸道大量有益菌群，可使部分腹瀉病人得到緩解或治癒。
微生態製劑雙岐桿菌等腸道正常菌群的活菌製劑，通過改善、調節腸道內的菌群失調，達到拮抗、抑制病菌的作用。常用的藥物有麗珠腸樂、整腸生膠囊等。