集體土地和國有土地是《土地管理法》確定的土地性質雙軌制度。這樣的雙軌制導致集體土地的徵收和國有土地上房屋的徵收程序和補償標準都不同。國有土地上房屋徵收按照《國有土地上房屋徵收與補償條例》執行，集體土地的徵收程序和補償標準則散見於法律法規以及省市各級政府的紅頭文件中。因此，紛爭更多集中於集體土地的徵收和補償過程中。
一、集體土地徵收的前提：公共利益，非因公共利益不得徵收。
土地管理法規定，土地徵收的條件是“為公共利益需要”，但究竟什麼是“公共利益”？有關土地管理的法律法規等均未進一步細化。不少案件中，村民對政府徵地是否具有公共利益基礎提出強烈質疑，但是由於沒有明確判斷標準，法院對徵地行為“合目的性”的審查和裁判說理顯得力不從心。
道理上，公共利益應當限於為社會成員共同性的利益需求，這一利益結果不能歸於任何特定的利益群體，而且公共利益的結果必須增進社會成員的共同福利，也包括增進被徵收人的福祉。
目前法律明確列舉的“公共利益”包含：軍事用地；國家政府機關及公益性事業研究單位用地；能源、交通用地；公共設施用地；國家重點工程用地；公益及福利事業用地；水利、環境保護用地；其他經合法程序確認的符合“社會公共利益”需要的用地。
但不管這樣，以上列舉都沒有包含商業開發。
二、集體土地的徵收程序
集體土地的徵收正序至少包括：
1、方案呈報（農用地轉用方案、補充耕地方案、徵用土地方案）；
2、國務院、省級政府作出徵地批覆；
3、市、縣政府公告徵用土地方案；
4、國土部門辦理徵地補償登記；
5、國土部門擬定徵地補償、安置方案，並公告、聽取意見；
6、市、縣政府批准徵地補償、安置方案；
7、國土部門組織實施補償、安置方案，支付徵地補償費；
8、國土部門實施收地（包括責令交出土地）
9、對徵地補償標準不服的，政府組織協商、作出裁決。
只有程序是正確的，結果才是可靠的。因此，必須謀求對每一個階段的據理力爭，才有可能實現補償結果的公平合理。
三、集體土地徵收過程中常見的違法行為
1、將集體土地和國有土地混為一談：用同一個徵收程序和補償標準完成集體土地的徵收和國有土地上房屋的徵收。
國有土地上房屋的徵收，由市、縣級人民政府根據法定程序作出徵收決定，由市、縣級人民政府確定的房屋徵收部門組織實施具體的徵收與補償工作。
而徵收集體土地，需要省、自治區、直轄市人民政府甚至是國務院批准，由市、縣級以上人民政府予以公告並組織實施。
可見，集體土地的徵收必須要在獲得省級人民政府或國務院的批准後才能實施。而很多地方，縣級政府或國土部門甚至街道辦村委會都可以發出一紙《通知》開展徵地工作，有些地方還只憑藉口頭文件實施徵地拆遷，這是嚴重的違法行為，極大地侵害了被徵收人的權利，必須予以制止。
2、未批先佔
就是在未獲得省級人民政府或國務院批准的情況下就侵佔土地進行施工。此類情形引發的徵地糾紛數量較多，行政機關因此被判決敗訴的情形屢見不鮮。
如某鎮人民政府在尚未辦理完成農用地轉用手續和徵地審批手續的情況下，發出《公告》稱原告村民耕種的土地“已徵收”，並要求各村民小組移交所承包的責任田和山地，告知村民在徵地範圍內不得再進行耕種，組織有關村民小組簽訂徵地合同和相關補充協議，並以縣國土資源局的名義將徵地款及安置補助款劃給各村民小組，准許開發商佔用涉案土地進行施工。
最終法院判決確認縣政府、鎮政府進行徵收的行為違法，責令立即停止項目施工，賠償因違法徵地行為造成的損失。
3、少批多佔
是指有的地方政府，為了獲得更多的建設用地，超出徵地批准文件允許的徵地紅線範圍實施徵地，侵害被徵地村集體和村民合法權益。
如某市人民政府通過下轄區政府和鎮政府與村委會簽訂《徵收土地協議書》，約定被徵收的土地面積為900畝，但是經省政府批准徵收的土地只有857畝，相差43畝。最後被法院判決確認其在徵地範圍之外的徵地行為違法。
此外，有的地方政府向被徵地農村集體支付的徵地補償款，所補償的徵地面積明顯超過經依法批准徵收的土地面積，但是被告政府卻對超面積補償的原因無法說明，或者以“不清楚”為由拒絕作出合理解釋。此類違法情形也較為常見。
4、以租代徵
有的地方政府採取更為隱蔽的方式，與村集體簽訂長期的土地使用合同，達到實質上徵地的目的。
比如在未辦理合法的土地徵收審批手續和農用地轉用審批手續的情況下，與村民委員會簽訂《租賃土地的協議》，約定租期50年，每年支付租金。一這樣的方式規避徵地程序和徵地補償，侵害村民利益。
最後，律師提醒：如果你的土地和房屋在被徵收和拆遷的過程中遇到以上問題，務必及時提起法律程序維權，以免錯過了救濟的訴訟時效。