1783年（朝乾隆四十八年），美國戰勝英國，贏得了獨立。但是當時的美國只是各州的聯合體，沒有強有力的聯邦政府，只有一個權力很小的邦聯議會。這就導致了美國國內的混亂，經濟秩序被破壞、軍隊缺乏統一管理、各州存在嚴重的各自為政的現象，如果不加以扭轉，新生的美國可能會分裂成很多個小國，甚至給英國重新佔領的機會。
美國的開國元勳們，如華盛頓（第一位總統）、漢密爾頓（第一位財政部長、聯邦黨人）、亞當斯（第二位總統聯邦黨人）、傑佛遜（第三位總統、民主共和黨人）、麥迪遜（第四位總統、民主共和黨人）等雖然都贊成制訂憲法和組建統一的聯邦政府，但是在聯邦和州的權利關係上分歧較大，由此逐漸形成了兩大政黨派系，聯邦黨和民主共和黨。聯邦黨人主張加強聯邦政府的權力，反對激進的法國大革命；而民主共和黨人則主張維護各州的自主地位，對外同情法國大革命。這就是美國政黨政治的起源！
美國1787年憲法制定後，1789年生效，確立了行政、立法、司法三權分立的原則。華盛頓當了8年總統，接著亞當斯又當了四年總統。美國國家體制基本運行平穩，但是美中不足的是司法的權威比行政機構和立法機構要弱很多，“司法部門既無軍權，又無財權，不能支配社會力量與財富”。這就造成了美國體制運行不平穩的隱患，也就是民選的國會和掌握行政權力以及軍權的政府踐踏法律該怎麼辦？司法機構能起到制衡的作用麼？總統和國會都是民選的，當一股政治力量同時掌握著兩大權力的時候，他們會不會為所欲為？就是這個隱患，引出了著名的“馬伯裡訴麥迪遜案”，並且逐漸明確了最高法院的對於法律和行政命令是否合乎憲法的“司法審查權”，也成為“違憲審查權”。
馬伯裡訴麥迪遜案，發生於1803年。美國第二任總統約翰•亞當斯，是聯邦黨人，不幸的是競選連任失敗，將於1801年3月3日卸任，即將接任他的傑佛遜是民主共和黨人。因為選舉失敗，總統和國會的多數席位都被民主共和黨取得。為了保留聯邦黨人的影響力，亞當斯想到了具有獨立性，不受選舉影響的司法系統。他不僅提名並通過聯邦黨人還能控制的參議院任命聯邦黨人、亞當斯總統當時的國務卿馬歇爾成為最高法院首席大法官，還突擊任命了42位治安法官。由於是卸任的最後一天突擊任命，因疏忽和忙亂有17份委任令在國務卿約翰•馬歇爾（已經成為首席大法官、國務卿職位即將卸任）卸任之前沒能及時發送出去。新總統傑佛遜就職後，命令新任命的國務卿麥迪遜扣留者17份委任令，這就造成了17個人無法上任成為治安法官。
剛剛建立的美國，官商勾結和腐敗還比較流行，很多人出錢出力支持政治人物競選，政治人物競選成功後，則以官職和其他經濟回報回饋這些人。被國務卿麥迪遜扣留的17分委任令，有一份是發給威廉•馬伯裡。威廉•馬伯裡是一個富商，他出錢給聯邦黨人競選，就是為了獲取官職。結果錢花了，官職也打水漂了，官迷馬伯裡決定打官司“討回公道”。
威廉•馬伯裡一紙訴狀將國務卿麥迪遜告到了最高法院，而現任的最高法院首席大法官馬歇爾就是那個粗心大意忘了發出委任令的前國務卿。這個案子在當時來說是十分棘手的。因為按照法律，威廉•馬伯裡是佔理的，國務卿麥迪遜理應交出委任令，讓馬伯裡去上任。然而，兩黨爭鬥的現實，總統傑佛遜和國務卿麥迪遜堅持認為亞當斯的突擊任命是自私自利的政黨鬥爭、是的不合理的任命。當時民主共和黨控制著總統和國會職位，並不把司法部門放在眼裡。
這樣，馬伯裡訴麥迪遜一案實際上使馬歇爾大法官陷入了一種左右為難、必輸無疑的兩難困境。他當然可以正式簽發一項執行令，命令麥迪遜按照法律程序發出委任狀。但麥迪遜有總統兼美軍總司令傑弗遜撐腰，他完全可能對最高法院下達的執行令置若罔聞。既無錢又無劍的最高法院若向麥迪遜國務卿強行發號施令卻又被置之不理，只會讓世人笑掉大牙，進一步削弱最高法院的司法權威。可是，如果馬歇爾拒絕馬伯裡合理的訴訟要求，那就等於主動認輸，承認最高法院缺乏權威，無法挑戰行政部門高官目無法紀的舉動，不僅愧對同一陣營中的聯邦黨人戰友，而且使最高法院顏面掃地。
1803年馬歇爾帶領最高法院運用司法審查這個手段擺脫了兩難境地。首席法官馬歇爾在他起草的全體最高法院法官一致同意的判決書中，先是承認馬伯裡被任命為法官是合法的，是有權得到委任狀的，而總統和國務卿不予頒發是沒有理由的。但是他又說，最高法院不能直接要求國務卿麥迪遜交出委任令，因為這不在最高法院直接審理的範圍之內。馬伯裡需要到下級法院去控告，一步一步上訴到最高法院，最高法院才能審理。
馬伯裡的律師起訴的根據源自《1789年司法條例》（thejudiciaryactof1789）第13條中的規定：聯邦最高法院在法律原則和慣例保證的案件中，有權向任何在合眾國的權威下被任命的法庭或公職官員（personsholdingoffice）下達執行令狀。
馬歇爾判決1789年《司法條例》第13條規定是同憲法相違背的。最後，他就聯邦國會立法權的界線、憲法的最高法律地位、法院何以有審查法律的權力等問題作了長篇的論證，明確宣佈“違憲的法律不是法律”、“闡明法律的意義是法院的職權”。據此，馬歇爾正式宣佈：《1789年司法條例》第13條因違憲而被取消。這是美國最高法院歷史上第一次宣佈聯邦法律違憲。從此，開創了美國聯邦最高法院審查國會法律的先例。
馬伯裡若要從基層法院一級一級地上訴到最高法院，耗時太久，他只好撤回了起訴。傑弗遜總統和麥迪遜國務卿並沒有被要求交出委任狀，也不好說什麼，此案就此完結。
但這個案件卻推動了美國三權分立的完善。二百年後的今天，在美國最高法院的院史博物館中，唯有馬歇爾大法官一人享有全身銅像的特殊待遇，正式因為他在為最高法院明確違憲審查權方面以及後續慎重使用這一權力的卓越貢獻。
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