編者按：近幾年，國家稅務總局相繼出臺了加強土地增值稅徵管的政策文件，對清算條件、收入確認、成本費用和扣除等方面都作了較為明確的規定。《國家稅務總局關於印發<土地增值稅清算管理規程>的通知》(國稅發〔2009〕91號)對土地增值稅清算做了詳細規定。但由於土地增值稅政策專業性強、操作過程複雜，時間跨度長，稅款金額較大等原因，現實中多數房地產開發企業對清算規定執行不到位，達到條件主動清算的企業很少，導致土地增值稅清算的涉稅風險不斷加大。
土地增值稅以預徵為主，符合條件的進行清算。《土地增值稅暫行條例實施細則》第十六條規定，納稅人在項目全部竣工結算前轉讓房地產取得的收入，由於涉及成本確定或其他原因，而無法據以計算土地增值稅的，可以預徵土地增值稅，待該項目全部竣工、辦理結算後再進行清算，多退少補。根據《國家稅務總局關於印發<土地增值稅清算管理規程>的通知》(國稅發〔2009〕91號)規定，土地增值稅清算，是指納稅人在符合土地增值稅清算條件後，依照稅收法律、法規及土地增值稅有關政策規定，計算房地產開發項目應繳納的土地增值稅稅額，並填寫《土地增值稅清算申報表》，向主管稅務機關提供有關資料，辦理土地增值稅清算手續，結清該房地產項目應繳納土地增值稅稅款的行為。《國家稅務總局關於土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）對“土地增值稅清算後應補繳的土地增值稅加收滯納金問題”的規定是，納稅人按規定預繳土地增值稅後，清算補繳的土地增值稅，在主管稅務機關規定的期限內補繳的，不加收滯納金。
一、土地增值稅的清算條件
土地增值稅的清算條件，是指應繳土地增值稅的開發項目進行清算應達到的條件。土地增值稅的清算條件有兩種，一是主動清算條件，二是被動清算條件。
（一）主動清算條件
納稅人符合下列條件之一的，應進行土地增值稅的清算：
1、房地產開發項目全部竣工、完成銷售的；（是指開發項目已經行政管理機關驗收取得初始產權證或驗收證明，開發的項目已經全部銷售完畢；）
2、整體轉讓未竣工決算房地產開發項目的；（是指整體將開發的未完工項目轉讓銷售；）
3、直接轉讓土地使用權的。（是指納稅人將依法取得的土地使用權轉讓。）
上述清算條件是主動清算條件，也就是說，房地產開發企業的開發項目符合上述任何一種條件，就應主動按照規定的時間進行土地增值稅的清算。
（二）被動清算條件
被動清算條件，是指雖未達到主動清算條件，但是稅務機關要求進行清算的條件。國稅發〔2009〕91號文規定：符合下列條件之一的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算：
1、已竣工驗收的房地產開發項目，已轉讓的房地產建築面積佔整個項目可售建築面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩餘的可售建築面積已經出租或自用的；
2、取得銷售（預售）許可證滿三年仍未銷售完畢的；
3、納稅人申請註銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續的；
4、省（自治區、直轄市、計劃單列市）稅務機關規定的其他情況。
需注意的是，國稅發〔2009〕91號對納稅人申請註銷稅務登記進行土地增值稅清算，明確了時限要求。即申請註銷稅務登記前，必須完成土地增值稅清算工作，否則不予辦理稅務註銷、工商註銷。
二、清算時間要求
（一）主動清算時間要求
符合主動清算條件規定的納稅人，須在符合清算條件之日起90日內對項目進行清算，攜帶清算資料到主管稅務機關申請辦理清算手續；稅務部門受理窗口按規定對報送的資料進行核對，做出是否受理的決定；對受理的清算項目應在一定期限內及時組織清算審核。
（二）被動清算時間要求
符合被動清算條件規定的納稅人，由稅務機關確定是否進行清算；對於確定需要清算的，由主管稅務機關下達《土地增值稅清算通知書》，納稅人應當在收到清算通知之日起90日內辦理清算手續。
三、清算結果及法律責任
主管稅務機關受理納稅人清算申請後，應交由具體負責進行土地增值稅清算的稅務部門進行清算，清算時間一般不得超過30日，如遇特殊情況可適當延長清算時間，但最長不得超過45日。
清算審核工作完成後，應由主管稅務機關向納稅人出具《土地增值稅清算結論書》和《稅務事項通知書》，並按稅務文書送達程序及時送達納稅人。
納稅人接到稅務機關出具的《土地增值稅清算結論書》和《稅務事項通知書》後，應根據稅務機關的結論和有關規定，辦理補繳稅款或退稅手續。
納稅人不配合稅務部門進行清算、提供虛假資料或發現有其他違反稅法行為的，按照《稅收徵收管理法》的有規定處理。
四、符合條件不清算的法律風險
2013年，國稅總局發佈《關於進一步做好土地增值稅徵管工作的通知》（稅總髮〔2013〕67號）進一步明確加強對土地增值稅的清算工作，該文件是國家稅務總局對加強土地增值稅清算工作的指引，強調通過巡迴督察、加強地方官員績效考核等方式，推進各地稅務機關土地增值稅清算工作。
實踐中，房地產企業對清算規定執行不到位，達到條件主動清算的企業很少。一些企業預留一定比例的尾房，以一定價格優惠與購房者達成推遲訂立網上合同、推遲開具發票（暫時機外訂立合同、收具收款）的約定，從而逃避房管部門“銷售備案系統”的監控，達到長時間佔用資金、延遲清算的目的。而安置房項目以政府補貼不到位為由，長期不清算。而在如今的徵管環境下，這些操作都隱含著極大的涉稅法律風險。
（一）根據國稅發〔2009〕91號的規定，主管稅務機關應加強房地產開發項目的日常稅收管理，實施項目管理。主管稅務機關應從納稅人取得土地使用權開始，按項目分別建立檔案、設置臺帳，對納稅人項目立項、規劃設計、施工、預售、竣工驗收、工程結算、項目清盤等房地產開發全過程情況實行跟蹤監控，做到稅務管理與納稅人項目開發同步。基於此，稅務機關從項目源頭開始就加強了對土地增值稅的全過程動態監控，對於逃避以及拖延納稅的行為，稅務機關可以對其進行土地增值稅的被動清算，即達到土地增值稅清算條件後，沒有在90日內主動向稅務機關繳納增值稅的，必須在稅務部門規定的期限內完成對土地增值稅的清算。
（二）同時，需要提醒的是，根據《稅收徵收管理法修訂草案（徵求意見稿）》的內容，在土地增值稅進行清算時，稅務部門可以充分利用財政、稅務、銀行、建設等相關部門的信息，核實開發項目銷售收入與扣除項目的實際情況，核實銀行等金融機構的相關證明等等，據此審核納稅人提供的清算材料，提高清算審核的準確性。對於納稅人而言，提供虛假材料、核算不規範的問題，應該給予更多重視。
（三）因為土地增值稅屬於地方稅種，對於具體的操作規定各省的差異較大，如國稅發〔2009〕91號第十條“對符合以下條件之一的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算”的規定，（四）省（自治區、直轄市、計劃單列市）稅務機關規定的其他情況。第十三條主管稅務機關收到納稅人清算資料後，對符合清算條件的項目，且報送的清算資料完備的，予以受理；對納稅人符合清算條件、但報送的清算資料不全的，應要求納稅人在規定限期內補報，納稅人在規定的期限內補齊清算資料後，予以受理；對不符合清算條件的項目，不予受理。上述具體期限由各省、自治區、直轄市、計劃單列市稅務機關確定。因此，華稅建議，企業在熟悉相應的稅收法律、法規的基礎上，應對省級土地增值稅清算的操作標準及相應的操作細則認真研究，解決清算實踐中的現實問題，避免涉稅風險。