1943年以來，在日軍高層的短視下，日軍在太平洋戰爭初期的戰略優勢已經損失殆盡。在馬里亞納群島戰役後，日軍曾經無比強大的海軍也消耗殆盡，幾乎名存實亡。日軍所有能用的軍艦加起來只有165艘，排水量約88萬噸；美軍僅在太平洋戰場上的軍艦就有近800艘，排水量更是達352萬噸，號稱“只有外星人才能戰勝”。雖然實力相差懸殊，但日軍高層仍然嘴硬，不但不承認失敗，還試圖通過一次大規模戰役徹底扭轉局勢。
1944年8月，日軍開始在菲律賓擴建。駐紮在菲律賓的第14軍直接被升格為第14方面軍，包含9個人員完整的師團、3個旅團，總計約23萬人。另外，日本海軍最後的精銳幾乎悉數被調到這一帶，至此，菲律賓一帶的日軍總人數已經超過60萬。這支規模比較龐大的軍隊，是二戰中日軍最後一股比較有威脅的力量了。日軍大本營經過深思熟慮後，將該軍隊的指揮權交給了名將山下奉文。
此時，牢牢把握戰略主動的美軍其實有很多選擇，但美軍高層最終決定一舉擊潰這股日軍力量，收復菲律賓。美軍方面自然也做了充分的準備，1944年10月20日，在麥克阿瑟的指揮下，美軍集結龐大的登陸艦隊，由萊特島登陸。此時，萊特島上駐有日軍第16師團，雖然該師團戰鬥力不差，但面對美軍強大的第6集團軍（5個師約20萬人），人數上巨大的差距讓日軍很快就陷入潰敗。萊特島上日軍不得不倉皇撤退，逃往內陸。
萊特島之戰結果並不難預料，但過程卻非常之慘。守島日軍共13778人，最終僅620人倖存。而雙方圍繞萊特島展開的“萊特灣海戰”也以日軍的完敗而告終，不僅幾乎失去了這一帶的制海權，日軍引以為豪的超級戰列艦“武藏”號也被美軍擊沉。即便遭遇瞭如此大的挫折，日軍大本營仍決定嘗試奪回萊特島。
大本營認為，此時正值颱風季節，因為惡劣的天氣，美軍雖然佔領了機場，但根本就派不上用場。而在這種環境下的陸戰和海戰，日軍並不會吃太大的虧。因此，趁著狂風暴雨之際，日軍將第1、第26師團和第68旅團等部隊陸續送上島。萊特島上的日軍數量不斷增加，截至11月初，島上日軍一度達到約7萬人。
有趣的是，日軍剛集結完畢，11月中旬，天氣就毫無徵兆地好轉了。更巧的是，此時美軍恰好破譯了日軍密碼，發現日軍在萊特島南部頻頻有小動作，立馬派了347架飛機對整個萊特島南部展開地毯式轟炸。日軍損失慘重，不但當場被炸死或是淹死超過1萬人，補給線也被切斷。隨後，美軍派出重兵對島上日軍進行肅清，日軍幾乎被全軍覆沒，精銳的第一師團最終只有743人倖存；而美軍一共就損失了3500人。
眼看重新奪回萊特島是沒有希望了，日軍開始收縮力量，將注意力轉到呂宋島。為了保險起見，美軍則派出了包含各種艦艇多達850艘的空前龐大的艦隊奪取呂宋島，日軍一觸即潰，部隊化整為零藏入叢林，發誓要與美軍抵抗到底。然而，飢餓和疾病將叢林變成了日本人的地獄。由於食物匱乏，日軍不得不到處找東西吃，飢不擇食的日軍士兵甚至開始吃泥土。
熱帶疾病也將日軍折磨得生不如死，在很短的時間內，革登熱和爛腳病就要了很多人的命。另外，有一種叫“迴歸熱”的疾病更是令人絕望，患病者會高燒數天，然後高燒褪去幾天後再次發作；由此循環往復，且週期越來越短，患病者最終只能在痛苦與絕望中死去。由於沒有醫療物資，日軍士兵只要得了病幾乎就相當於死了。
在這種條件下，日軍的惡魔本質徹底暴露出來。曾有4名飢餓的日軍士兵趁夜殺掉了自己的長官，然後將其屍體做成烤肉果腹。有一名叫做荻原長一的日本兵回憶道：曾有3名戰友給了他一塊不知從哪兒得來的烤肉，有一股奇特的香味。吃過後才被告知那是戰友的屍體。他後來親眼目睹了那具屍體，四肢上的肌肉已幾乎被剃乾淨，只剩下陰森的白骨。
菲律賓一役，日軍可謂是集中了最後的精銳力量，卻沒想到這兒卻成了最後一支主力的墳墓。日軍損失慘重，根據《日本陸海軍事典》統計：此役日本陸軍陣亡36.87萬人，海軍11.79萬人，加上許多難以統計的民兵武裝，僅死亡數就超過了50萬人。不過有學者指出，真正死於美軍槍炮之下的日軍根本沒這麼多，大部分人是死於熱帶疾病、飢餓甚至是自相殘殺。經此一役，日軍也幾乎徹底喪失了同美軍叫板的實力，太平洋戰爭的勝負已成定局。